Στο 1ο επεισόδιο του 2ου κύκλου, ο ΜακΚόι παρατηρεί ότι ο Σποκ είναι ανήσυχος. Έπειτα από ένα βίαιο ξέσπασμα, ο αξιωματικός αναγκάζεται να πάρει άδεια για να γυρίσει στον πλανήτη Βουλκάν και να συναντήσει τη μελλοντική σύζυγό του. (50'''')
Αφού αποβιβάζονται παρά τη θέλησή τους σε έναν παράξενο πλανήτη, τα μέλη του Εντερπράιζ συναντούν το πλάσμα που ευθύνεται για την αιχμαλωσία τους. Ισχυρίζεται ότι είναι ο Απόλλωνας και απαιτεί να τον αναγνωρίσουν ως θεό τους. (50'''')
Το Εντερπράιζ ανακαλύπτει έναν διαστρικό ανιχνευτή από τη Γη, που αγνοείται επί 265 έτη. Μέσα στα χρόνια, ο ανιχνευτής έχει μεταλλαχτεί σε ισχυρή κι ευφυή μηχανή, έτοιμη να διαλύσει όλους όσοι δεν ανταποκρίνονται στα πρότυπά της. (50'''')
Ένα αναπάντεχο ατύχημα στέλνει τον Κερκ, τον ΜακΚόι και την Ουχούρα σε ένα παράλληλο σύμπαν, όπου η Ομοσπονδία Πλανητών έχει μεταμορφωθεί σε διαβολική αυτοκρατορία. Τώρα ο Κερκ είναι μονάρχης και ο Σποκ, ένας πονηρός πειρατής. (50'''')
Το πλήρωμα του Εντερπράιζ τηλεμεταφέρεται σε έναν μυστηριώδη παραδεισένιο πλανήτη. Προς κακή τους τύχη, όμως, οι ντόπιοι λατρεύουν σαν θεό ένα αδίστακτο μηχάνημα, το οποίο θα διατάξει τη θανάτωση των ανεπιθύμητων επισκεπτών. (50'''')
Το διαστημόπλοιο Κονστελέισιον έχει καταστραφεί από έναν πανίσχυρο 'εχθρό', που είναι ικανός να εξαλείψει ολόκληρους πλανήτες. Θα καταφέρει ο κυβερνήτης Κερκ και η ομάδα του να σταματήσουν το φονικό αυτό 'όπλο';
Δύο εξωγαλαξιακά όντα παίρνουν ανθρώπινη μορφή για να υποδεχτούν το Εντερπράιζ. Εμφανιζόμενα σαν μάγοι, προσπαθούν να τρομοκρατήσουν το πλήρωμα, αλλά με δύο αγνοούμενους κι έναν νεκρό αξιωματικό, ο Κερκ δεν σκοπεύει να κάνει πίσω. (50'''')
Ο Χάρι Μαντ επιστρέφει με ένα μοχθηρό σχέδιο για να εκδικηθεί τον κυβερνήτη Κερκ. Στόχος του, να καταλάβει το Εντερπράιζ, απομονώνοντας το πλήρωμα σε έναν πλανήτη κατοικημένο από ανδροειδή που βρίσκονται υπό τον πλήρη έλεγχό του. (50'''')
Το σκάφος Γκαλιλέο, που μεταφέρει στο Εντερπράιζ μια ασθενή διπλωμάτη της Ομοσπονδίας, παρασύρεται από ένα μυστηριώδες σύννεφο σε έναν ξένο πλανήτη. Εκεί ζει απομονωμένος ένας υπερήλικας επιστήμονας που παραμένει νέος και υγιής. (50'''')
Ενώ ακολουθείται από ένα άγνωστο σκάφος, το Εντερπράιζ μεταφέρει διπλωμάτες από κάθε γωνιά του σύμπαντος σε ένα συνέδριο ειρήνης. Ανάμεσά τους, οι γονείς του Σποκ. Οι εντάσεις όμως μεταξύ των αξιωματούχων έχουν άσχημη κατάληξη. (50'''')
Ενώ το πλήρωμα του Εντερπράιζ βρίσκεται σε έναν παράξενο πλανήτη για μια συμφωνία εξόρυξης, ένας πράκτορας Κλίνγκον υποκινεί πραξικόπημα. Θα καταφέρουν ο Κερκ και η ομάδα του να φυγαδεύσουν τη σύζυγο του νεκρού πια αρχηγού; (50'''')
Το Εντερπράιζ ανακαλύπτει μια αποικία γεμάτη επιστήμονες που γερνούν με ραγδαίο ρυθμό. Ό,τι προκαλεί την πρόωρη γήρανση, προσβάλλει και το πλήρωμα. Η μόνη ελπίδα για να βρεθεί το αντίδοτο είναι ο Τσέκοφ, που δεν έχει προσβληθεί. (50'''')
Μια τυπική έρευνα φέρνει την ομάδα του Εντερπράιζ αντιμέτωπη με ένα σύννεφο-βαμπίρ, που 11 χρόνια πριν είχε σκοτώσει την ομάδα και τον κυβερνήτη Κερκ. Παρά τις αντίθετες εντολές, ο Κερκ είναι έτοιμος να πάρει την εκδίκησή του. (50'''')
Ενώ βρίσκεται με άδεια στον πλανήτη της απόλαυσης, ο Σκοτ κατηγορείται για τη δολοφονία δύο γυναικών. Όμως, η ευθύνη για τους φόνους ίσως βαραίνει μια σκοτεινή δύναμη, που έχει συνδεθεί με σειρά βίαιων επιθέσεων στην αρχαία Γη. (50'''')
Το πλήρωμα του Εντερπράιζ καλείται να προστατεύσει ένα πολύτιμο φορτίο με σιτάρι. Για να φέρει εις πέρας την αποστολή, η ομάδα έρχεται αντιμέτωπη με τους γραφειοκράτες, τους Κλίνγκον και δεκάδες αξιολάτρευτα αλλά αχόρταγα ζωάκια. (50'''')
Ο Κερκ, η Ουχούρα κι ο Τσέκοφ απάγονται και μεταφέρονται σαν σκλάβοι σε άγνωστο πλανήτη. Όπως οι άλλοι δούλοι, έτσι κι αυτοί εκπαιδεύονται στις πολεμικές τέχνες, ώστε σαν μονομάχοι να ψυχαγωγήσουν την ''''ανώτερη φυλή'''' του πλανήτη. (50'''')
Το Εντερπράιζ εξερευνά έναν ξεχασμένο πλανήτη, η τελευταία επίσκεψη στον οποίο έγινε 100 χρόνια πριν. Προς έκπληξή του, το πλήρωμα βλέπει ότι η κουλτούρα των ντόπιων μοιάζει με αυτή των γήινων γκάγκστερ της δεκαετίας του 1920. (50'''')
Μόλις ο Σποκ συναισθάνεται την καταστροφή ενός επανδρωμένου με Βουλκάνιους σκάφους, το Εντερπράιζ συναντά έναν γιγάντιο μονοκύτταρο οργανισμό, που τρέφεται αποκλειστικά με ενέργεια και απειλεί τη βιωσιμότητα του γαλαξία. (50'''')
Σε έναν πλανήτη με πρωτόγονο πολιτισμό, το πλήρωμα ανακαλύπτει ότι οι μέχρι πρότινος ειρηνικοί κάτοικοι έχουν στη διάθεσή τους όπλα υψηλής τεχνολογίας χάρη στους Κλίνγκον. Θα καταφέρει ο Κερκ να επαναφέρει την ειρήνη και την τάξη; (50'''')
Οι ασώματοι επιζώντες μιας εξαφανισμένης φυλής επιθυμούν να ''''δανειστούν'''' τα σώματα του Κερκ, του Σποκ και της Δρ. Αν, μέχρι να πλάσουν τα δικά τους και να στεγάσουν το πνεύμα τους. Άραγε το πείραμά τους θα στεφθεί με επιτυχία; (50'''')
Αναζητώντας έναν εξαφανισμένο ιστορικό, ο Κερκ κι ο Σποκ φτάνουν σε έναν τόπο όπου κυριαρχεί ο ναζισμός. Όλα δείχνουν ότι ο ιστορικός έχει πείσει τους ντόπιους να υιοθετήσουν το ναζιστικό πρότυπο. Συχνά όμως τα φαινόμενα απατούν! (50'''')
Μετά τη διάλυση του σκάφους της, μια ομάδα εξωγαλαξιακών όντων παίρνει ανθρώπινη μορφή και καταλαμβάνει το Εντερπράιζ. Στόχος της, να επιστρέψει στον μακρινό γαλαξία Ανδρομέδα. Όμως, το ανθρώπινο σώμα έχει και τις αδυναμίες του. (50'''')
Το Εντερπράιζ εντοπίζει ένα σκάφος, το πλήρωμα του οποίου έχει ''''χαθεί'''' από άγνωστο ιό. Όταν ο Κερκ και η ομάδα προσβάλλονται από τον ιό, μεταβαίνουν σε έναν πλανήτη όπου οι ντόπιοι δείχνουν αφοσίωση και πίστη στη σημαία των ΗΠΑ. (50'''')
Το Εντερπράιζ επιλέγεται για να δοκιμάσει ένα εξελιγμένο σύστημα ελέγχου, ικανό να κυβερνήσει το σκάφος χωρίς ανθρώπινη παρέμβαση. Όμως, η πλήρης εξάλειψη του ανθρώπινου παράγοντα μπορεί να έχει θανάσιμες συνέπειες. (50'''')
Ο Κερκ, ο Σποκ κι ο ΜακΚόι παγιδεύονται σε έναν πλανήτη που θυμίζει τη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία. Όταν ο Κερκ αρνείται να φέρει το πλήρωμα σ'''' αυτόν τον παράξενο τόπο, ο Σποκ κι ο ΜακΚόι ρίχνονται στην αρένα ενάντια στους μονομάχους. (50'''')
Φινάλε 2ου κύκλου. Το πλήρωμα του Εντερπράιζ επιστρέφει στη Γη του 1968 και συναντά έναν μυστηριώδη πράκτορα με σκοτεινά κίνητρα, που σχεδιάζει να παρέμβει στην ιστορία της. Θα καταφέρουν ο Κερκ κι ο Σποκ να τον σταματήσουν; (50'''')
