H υπόθεση που αναλαμβάνει η ομάδα αποδεικνύεται πολύ προσωπική για ένα από τα μέλη της. Οι αρχές ανακαλύπτουν το πτώμα ενός Επικελευστή του Ναυτικού, και ο πράκτορας Pride συνειδητοποιεί ότι πρόκειται για ένα πρώην μέλος συμμορίας που είχε κάποτε προσπαθήσει να βοηθήσει.
Ο Lewis Collier, ένας αξιωματικός του ναυτικού που βρισκόταν σε άδεια, χάνει τη ζωή του από μυστηριώδη αίτια. Τα στοιχεία δείχνουν ότι τελικά ο αξιωματικός είχε προσβληθεί από βουβωνική πανώλη.
Ένα θωρακισμένο λεωφορείο που μετέφερε κρατούμενους καταστρέφεται σε μια ύποπτη σύγκρουση. Μέσα στη γενική αναταραχή διαφεύγουν τέσσερις κρατούμενοι, ενώ ένας από αυτούς έχει χαρακτηριστεί ως μια από τις μεγαλύτερες απειλές της χώρας.
Ένα μέλος της αμερικάνικης ομάδας καταδρομών Navy SEALS δολοφονείται μέσα σε μια φοιτητική εστία. Η ομάδα πρέπει να εξιχνιάσει την υπόθεση και να ανακαλύψει αν το κίνητρο του φόνου είχε να κάνει με τη μυστική αποστολή που απασχολούσε το θύμα πριν πεθάνει.
Ενώ η ομάδα NCIS επιχειρεί να εξιχνιάσει τη δολοφονία ενός Αρχικελευστή του Ναυτικού, ειδικού στην αντικατασκοπεία, ανακαλύπτει ότι λίγο καιρό πριν η γυναίκα του είχε πέσει θύμα απαγωγής. Τώρα, η ομάδα έχει μόλις 22 ώρες για να λύσει και τις δύο υποθέσεις.
Η Νέα Ορλεάνη είναι στολισμένη για το Halloween. Η ομάδα του NCIS δεν έχει καιρό να γιορτάσει, καθώς πρέπει να εξιχνιάσει τη δολοφονία μιας Νομικής Συμβούλου του Ναυτικού που βρέθηκε νεκρή σε ένα νεκροταφείο, ντυμένη με μια στολή της Βικτωριανής Εποχής.
Η ομάδα ερευνά τη δολοφονία ενός Αξιωματικού του Ναυτικού, ο οποίος χειριζόταν άκρως απόρρητες κυβερνητικές υποθέσεις. Επίσης, ο πράκτορας Pride μεταμορφώνει το γκαράζ του σε συνεργείο, αφού αποφασίζει να επισκευάσει μόνος του το πρώτο αυτοκίνητο που αγόρασε ποτέ για τη σύζυγό του.
Οι αρχές ανακαλύπτουν το πτώμα ενός Υπασπιστή του Πολεμικού Ναυτικού μέσα σε μια πλωτή αποθήκη και καλούν την ομάδα του NCIS. Στην κατοχή του άτυχου άνδρα βρέθηκε ένα διαμαντένιο δαχτυλίδι και σημειώσεις που δείχνουν ότι ετοιμαζόταν να κάνει πρόταση γάμου στη σύντροφό του.
Οι αρχές ανακαλύπτουν ένα υπηρεσιακό όπλο που είχε κλαπεί από έναν Ανθυπασπιστή του Πολεμικού Ναυτικού. Ο νόμιμος κάτοχος του όπλου έχει πεθάνει εδώ και 40 χρόνια, κι έτσι η ομάδα του NCIS αναγκάζεται να ανοίξει ξανά μια πολύ παλιά υπόθεση.
Η ομάδα του NCIS αναλαμβάνει να εξιχνιάσει τη δολοφονία ενός απόστρατου Πεζοναύτη. Η υπόθεση παίρνει μυστηριώδη τροπή, καθώς η ομάδα ανακαλύπτει τον βασικό ύποπτο ντυμένο με τη στρατιωτική στολή ενός άλλου αξιωματικού που υποτίθεται πως σκοτώθηκε στο Αφγανιστάν.
Η ομάδα του NCIS βρίσκεται σε μια εορταστική εκδήλωση του Αμερικανικού Ναυτικού, όταν ξαφνικά τα μέλη της γίνονται μάρτυρες μιας θανάσιμης έκρηξης. Σύντομα ανακαλύπτουν πως βασικός στόχος της έκρηξης ήταν ο πράκτορας Pride.
Η κόρη ενός αξιωματικού του Ναυτικού είναι η βασική ύποπτη σε μια υπόθεση δολοφονίας, η οποία συνέβη πάνω σε ένα σκάφος επιστημονικών ερευνών. Τώρα, η ομάδα του NCIS πρέπει να ενώσει τις δυνάμεις της με τους ερευνητές της Ακτοφυλακής προκειμένου να λύσουν την υπόθεση.
Ένας αξιωματικός του Ναυτικού προσεγγίζει τον πράκτορα Pride ζητώντας βοήθεια, γιατί πιστεύει ότι έχει υποστεί δηλητηρίαση από ραδιενέργεια και του απομένει ελάχιστος χρόνος. Τώρα τα μέλη του NCIS καλούνται να εξιχνιάσουν ένα φόνο προτού ακόμα συμβεί.
Ένας αξιωματικός του Ναυτικού σκοτώνεται κατά τη διάρκεια μιας αποστολής, την οποία είχε αναλάβει για την προσωπική ασφάλεια του Υπαρχηγού του Πολεμικού Ναυτικού. Μήπως όμως η δολοφονία δεν είχε ως στόχο τον αξιωματικό αλλά το πρόσωπο που αυτός προστάτευε;
Ένας κελευστής του Ναυτικού βρίσκεται δολοφονημένος μετά από μια παρέλαση καρναβαλιού. Έτσι, η ομάδα του NCIS θα πρέπει να ανακαλύψει όλες τις κινήσεις που έκανε το θύμα προτού δολοφονηθεί.
Μια υπάλληλος του Πολεμικού Ναυτικού γίνεται ο στόχος μια δολοφονικής επίθεσης, και η ομάδα του NCIS αναλαμβάνει να διαπιστώσει αν η επίθεση έγινε εξαιτίας της δουλειάς της, ή είχε σχέση με το γεγονός ότι η γυναίκα ήταν ανάδοχη μητέρα δυο παιδιών.
Ο Pride είναι πεπεισμένος ότι ο ακροβοθώρητος 'Baitfish' έχει επιστρέψει και, σε μια προσπάθεια να εντοπίσει τον αντίπαλό του, βάζει την ομάδα να ερευνήσει εγκλήματα και να κυνηγήσει στοιχεία από τη Νέα Ορλεάνη μέχρι το Τσάρλεστον της Νότιας Καρολίνας.
Ένας ναυτικός δολοφονείται σε ιδιωτικό δωμάτιο ενός κλαμπ στριπτίζ και η ομάδα του NCIS ανακαλύπτει ότι το φονικό όπλο που χρησιμοποιήθηκε για τη δολοφονία του, συνδέεται με άλλες δύο άλυτες υποθέσεις.
Η ιατροδικαστής Wade έχει σχεδόν τελειώσει μια νεκροψία ρουτίνας, στη σορό ενός αξιωματικού που απ΄ ό,τι φαίνεται πέθανε από φυσικά αίτια. Ξαφνικά, ένας ένοπλος άνδρας εισβάλλει στο νεκροτομείο και κρατά όμηρο τη Wade, τον Sebastian και τον Danny.
Ένας αξιωματικός του Ναυτικού ανακαλύπτει πως ο χειρότερος εφιάλτης του μόλις πραγματοποιήθηκε: κάποιος έκλεψε το αυτοκίνητό του ενώ μέσα βρισκόταν το μωρό του. Η ομάδα του NCIS θα πρέπει να ανακαλύψει αν ο κλέφτης ήθελε μόνο το αυτοκίνητο.
Ο αδελφός του Lasalle, ο Cade, βρίσκει το πτώμα της κοπέλας του στο πορτ μπαγκάζ του αυτοκινήτου του και χωρίς να θυμάται τίποτα για την προηγούμενη βραδιά, ζητά τη βοήθεια της ομάδας.
Ο δολοφόνος Baitfish, που έχει απασχολήσει την ομάδα του NCIS και στο παρελθόν, επιστρέφει. Προκειμένου να στείλει ένα προσωπικό μήνυμα στον Pride, δολοφονεί κάποιον που η ομάδα εκτιμά πολύ.
Όταν ο Pride και η ομάδα λαμβάνουν πληροφορίες ότι τα λιμάνια έχουν καταληφθεί, κάτι που βάζει σε κίνδυνο το Ναυτικό και την Ακτοφυλακή, ακολουθούν κάθε στοιχείο για να ανακαλύψουν τι έχει καταφτάσει στην πόλη τους.
