48 επιζώντες από την πτώση ενός αεροπλάνου που απογειώθηκε από την Αυστραλία με κατεύθυνση της ΗΠΑ και έπεσε σε ένα νησί 1000 μίλια εκτός πορείας προσπαθούν να επιβιώσουν και να βρουν τρόπο διάσωσης.
Η ανακάλυψη ενός πομποδέκτη στα συντρίμμια του αεροσκάφους και η σκέψη της επικείμενης διάσωσης τους αναπτερώνουν το ηθικό των επιζώντων. Παράλληλα, τα μυστήρια του νησιού συνεχίζουν να τους προβληματίζουν.
Ο Jack και ο Hurley ανακαλύπτουν ένα μυστικό σχετικά με την Kate, την ώρα που η ζωή του στρατηγού κινδυνεύει. Στο μεταξύ, η Kate,ο Charlie, ο Sawyer, ο Sayid, ο Boone και η Shannon προβληματίζονται σχετικά με τα μυστήρια του νησιού.
Η Kate και ο Michael ακολουθούν τον Locke στο κυνήγι για φαγητό και εκεί μαθαίνουν ένα μυστικό του. Κάποιοι από τους επιζώντες σοκάρονται από τα σχέδια του Jack' σχετικά με τα πτώματα που υπάρχουν ακόμα στα συντρίμμια.
Ο Jack κοντεύει να καταρρεύσει εξαιτίας της έλλειψης ύπνου και παλεύει να ξεπεράσει τα γεγονότα που τον οδήγησαν στην Αυστραλία και κατ’ επέκταση σε αυτό το νησί.
Ο Walt και οι υπόλοιποι σοκάρονται όταν ο Michael δαγκώνεται άγρια, αλλά μόνο οι δύο που δεν μιλάνε αγγλικά ο Jin και η γνωρίζουν την αλήθεια για την επίθεση.
Ο Charlie αρχίζει να έχει στερητικό σύνδρομο εξαιτίας της αποχής του από τα ναρκωτικά. Προς έκπληξη του σε αυτό το οδυνηρό ταξίδι δέχεται τη βοήθεια του Locke, τα κίνητρα του οποίου παραμένουν ένα μυστήριο για αυτή του την πράξη.
Όταν η Shannon υποφέρει από κρίση άσθματος, ο Jack και ο Sayid συνειδητοποιούν ότι η αγριάδα μάλλον είναι μόνος τρόπος για να πείσουν τον Sawyer να τους δώσει κάποια από τα φάρμακα που κράταγε για τον εαυτό του.
Ο Jack, η Kate και ο Charlie αναρωτιούνται αν οι εφιάλτες της Claire όντως απειλούν τη ζωή τη δική της και του αγέννητου παιδιού της. Αργότερα, ένας από τους επιζώντες επιστρέφει με τρομακτικά νέα για το τι κρύβεται πίσω από τα βουνά.
Η ζωή του Sayid κινδυνεύει, όταν σκοντάφτει πάνω στον πομπό από τον οποίο αναμεταδίδονταν το γαλλικό μήνυμα. Ο Hurley έχει ένα ηλίθιο σχέδιο για το πώς να κάνουν τη ζωή τους στο νησί λίγο πιο πολιτισμένη, το οποίο μπορεί και να πετύχει.
Οι επιζώντες αναρωτιούνται γιατί και από ποιόν απήχθησαν ο Charlie και η έγκυος Claire. Έτσι μία ομάδα από τους επιζώντες αναλαμβάνει να διασχίσει τη ζούγκλα για να τους βρει και να τους σώσει.
Ο Jack, η Kate και ο Sawyer τσακώνονται για το ποιος θα κρατήσει έναν κλειδωμένο μεταλλικό χαρτοφύλακα, ο οποίος ενδέχεται να περιέχει κάποια στοιχεία για το μυστηριώδες παρελθόν της Kate.
Όταν ο Locke μαθαίνει ότι ο Boone θέλει να πει το μυστικό τους στη Shannon, η ζωή της τελευταίας κίνδυνεύει, ενώ παράλληλα αποκαλύπτεται η αλήθεια για το παρελθόν της με τον Boone.Η Kate προβληματίζεται με την παράξενη συμπεριφορά της Sun.
Η βία κυριαρχεί και ένα από τα περίεργα κτήνη του νησιού ξαναεμφανίζεται. Ο Michael και ο Locke διαφωνούν σχετικά με την ανατροφή του Walt. Ο Charlie μπαίνει στον πειρασμό να διαβάσει το χαμένο ημερολόγιο της Claire.
Όταν η απαχθείσα Claire επιστρέφει χωρίς να θυμάται τίποτα απ’ όσα συνέβησαν μετά την πτώση του αεροσκάφους, ο Jack και ο Locke καταστρώνουν ένα σχέδιο για να την προστατέψουν από τον απαγωγέα της, τον μυστηριώδης Ethan.
Όταν η σχεδία που έφτιαχναν οι επιζώντες μυστηριωδώς καίγεται, ο Michael είναι πεισμένος ότι πίσω από το σαμποτάζ ευθύνεται ο Jin, γεγονός που ενισχύει την αντιπαλότητα μεταξύ τους ακόμα περισσότερο.
Όταν ο Hurley παθαίνει εμμονή με τη Γαλλίδα και κατευθύνεται μέσα στη ζούγκλα για να τη βρει, ο Jack, ο Sayid και ο Charlie δεν έχουν άλλη επιλογή από να τον ακολουθήσουν.
Ο Jack είναι απρόθυμος να βοηθήσει, όταν ο Sawyer αρχίζει να έχει βασανιστικούς πονοκεφάλους. Ο Michael και ο Jin παλεύουν να καταφέρουν να επικοινωνήσουν προκειμένου να συνεργαστούν για να φτιάξουν τη σχεδία.
Η διαδικασία του τοκετού ξεκινά για την Claire γεγονός που πανικοβάλει τον Charlie. Στο μεταξύ, ο Locke έχει εξαφανιστεί και ο Sayid παρουσιάζει τη Shannon με μία ρομαντική έκπληξη.
Μετά την ταφή ενός επιζώντα, οι εντάσεις μετριάζονται και οι υποψίες ανάμεσα τους μεγαλώνουν. Μία από τους επιζώντες υπόσχεται εκδίκηση, ενώ η Claire και ο Charlie προσπαθούν να ηρεμήσουν το νεογέννητο.
Οι υποψίες του Jack μεγαλώνουν όταν ο Michael πέφτει βαριά άρρωστος την ώρα που έφτιαχνε τη σχεδία. Στο μεταξύ, ένα μυστικό από το παρελθόν της Kate αποκαλύπτεται, ενώ η μυστηριώδης καταπακτή ανοίγεται σε κάποιους από τους επιζώντες.
Η Γαλλίδα σοκάρει τους επιζώντες, καθώς στο ημερολόγιο της έχει γράψει για την απειλή από τους «Άλλους». Στο μεταξύ, ο Michael και ο Jin ετοιμάζουν τη σχεδία για να σαλπάρουν.
Μία απρόσμενη έκπληξη περιμένει όσους βρίσκονται πάνω στη σχεδία προσπαθώντας να φύγουν από το νησί. Παράλληλα, ένας επισκέπτης στον καταυλισμό ενδέχεται να κρύβει κινδύνους για το μωρό της Claire.
