O J.D. προσπαθεί να χωνέψει τα νέα ότι θα γίνει πατέρας, ενώ ο Dr. Cox αναρωτιέται αν ο θυμός του θα επηρεάσει το παιδί του. Παράλληλα ο Janitor αναρωτιέται αν η προσωπική βεντέτα που έχει εμ τον J.D. είναι χάσιμο χρόνου.
Η ώρα του τοκετού έφτασε και ο ενθουσιασμένος Turk συνοδεύει με – στην κυριολεξία- τυμπανοκρουσίες την Carla στην αίθουσα του τοκετού ενώ νιώθει ότι η Elliot τον μειώνει στην προσπάθεια της να κάνει την Carla να νιώσει άνετα.
Ο πολύ πετυχημένος χειρουργός Dr. Turner πρόκειται να ξαπλώσει στο κρεβάτι του πόνου. Η Elliot προσπαθεί αν τον πείσει να ακολουθήσει τη φαρμακευτική αγωγή αντί της εγχείρησης, καθώς σε αυτήν υπάρχει μεγάλος κίνδυνος να πεθάνει.
Ο J.D. προσπαθεί να αποθαρρύνει την κοπέλα του να δεχτεί τη δουλειά που θα την πάρει μακριά του για τέσσερις μήνες. Παράλληλα, ο Dr. Cox προσπαθεί να λύσει ένα ιατρικό μυστήριο.
Η Carla ακόμα παλεύει με την επιλόχεια κατάθλιψη, ο Cox και ο Janitor εκμεταλλεύονται τη νέα υπερπολυτελή σουίτα του νοσοκομείου και η Elliot έρχεται αντιμέτωπη με το ξεπούλημα της ιδιωτικής κλινικής.
Ο Dr. Kelso δείχνει ιδιαίτερο ενδιαφέρον για έναν ασθενή, ο οποίος είναι βετεράνος του πολέμου στο Ιράκ. Η παρουσία του βετεράνου στο νοσοκομείο ανοίγει μία πολιτική αντιπαράθεση ανάμεσα στο προσωπικό σχετικά με τον πόλεμο.
Όταν ο J.D. αναπτύσσει μία πάθηση στην οποία τα συμπτώματα είναι να λιποθυμάει και να έχει σκοτοδίνες, έρχεται αντιμέτωπος όχι μόνο με το να χάσει την κοπέλα του και το διαμέρισμα του, αλλά και τη συνείδηση του.
Ο J.D. ερωτεύεται μία νέα σέξι γιατρό, αλλά εξαιτίας της κατάστασης του δυσκολεύεται να της ζητήσει να βγουν. Η Eliot προσκαλεί τον Keith να μετακομίσει στο σπίτι της, αλλά εκείνος δεν είναι ακόμα έτοιμος να δεχτεί τους κανόνες της.
Με αφορμή τη βοήθεια που προσφέρουν σ’ έναν ασθενή προκειμένου να ανακτήσει τη χαμένη μνήμη του, ο J.D., η Elliot, ο Turk, η Carla, ο Dr. Cox, ο Dr. Kelso και ο Janitor ξεκινούν ένα ταξίδι πίσω στις δικές τους αναμνήσεις.
Ο στρατιώτης Dancer παίρνει εξιτήριο από το νοσοκομείο, αλλά όταν μαθαίνει ότι δεν μπορεί να ξανά καταταγεί στις ένοπλες δυνάμεις αποπειράται να αυτοκτονήσει.
Η φίλη του Dr.Kelso εισάγεται στο νοσοκομείο, αλλά αυτός δεν γνωρίζει ότι δεν έχει ιατρική ασφάλεια. Επίσης παρατηρεί ότι το προσωπικό κλέβει τις χειρουργικές φόρμες των γιατρών. Την ίδια ώρα, o Janitor εκβιάζει την Carla.
Σε ένα φανταστικό κόσμο: Ο Ted φαντασιώνεται ότι έχει μαλλιά, ενώ ο Todd γνωρίζει το μελλοντικό του γιο, ενώ η Jordan αφήνει στην άκρη το ταλέντο της να μιζεριάζει τον κόσμο προκειμένου να βοηθήσει τη σχέση της Elliot και του Keith.
Ο J.D. αισθάνεται παραμελημένος όταν η Melody, η περιπετειώδης φίλη της Eliot από την αδελφότητα έρχεται στην πόλη. Για να μη νιώθει παραγκωνισμένος της βάζει να τσακωθούν προκειμένου να γίνει και πάλι ο καλύτερος φίλος της Eliot.
Η Kim μετακομίζει στου J.D.προκειμένου να μεγαλώσουν μαζί το παιδί τους. Ο J.D. μαθαίνει από τον Turk και τον Dr. Cox .ότι η πατρότητα αλλάζει τον τρόπο που βλέπει κανείς τα πράγματα. Η Carla παραπονιέται στην Elliot ότι είναι δεσποτική.
Στο φινάλε της σεζόν, ο J.D. και η Elliot αρχίζουν να σκέφτονται το κοινό τους μέλλον και να αναρωτιούνται μήπως έκαναν λάθος που δεν είναι μαζί. Ο Janitor προσπαθεί να βρει το καλύτερο γαμήλιο δώρο για την Elliot.
