Η Λίλο, ο Στιτς, ο Τζούμπα και ο Πλίκλι βρίσκονται σε διαφορετικά σημεία του γαλαξία, εκεί που πραγματικά θέλει ο καθένας, σαν επιβράβευση για το γεγονός ότι κατάφεραν και συγκέντρωσαν μαζί και τα 625 πειράματα. Δεν θα χαρούν όμως πολύ αυτήν την ηρεμία, γιατί οι ζωές τους θα γίνουν πάλι άνω κάτω από την στιγμή που ο Δρ Χάμστερβιλ βγαίνει από την φυλακή και αναγκάζει τον Τζούμπα να φτιάξει ένα νέο πείραμα : τον Λιρόι, τον κακό δίδυμο αδελφό του Στιτς! Και σαν να μην έφτανε αυτό, ο Χάμστερβιλ φτιάχνει έναν ολόκληρο στρατό από μικρούς, κακούς Λιρόι για να πετύχει τα σχέδιά του.
Τώρα ο κλήρος πέφτει στη Λίλο που πρέπει να συγκεντρώσει και πάλι όλη την ομάδα για να πολεμήσουν μαζί τον στρατό των Λιρόι. Και όταν τα πράγματα δυσκολεύουν, οι τέσσερις φίλοι ανακαλύπτουν ότι μόνο ενωμένοι μπορούν να βγουν νικητές!
