Στο νέο κεφάλαιο της επικής ιστορίας του «Λαβυρίνθου», ο Τόμας (Ντίλαν Ο’Μπράιεν) και οι σύντροφοί του αντιμετωπίζουν την μεγαλύτερη τους πρόκληση μέχρι τώρα: να ψάξουν για στοιχεία σχετικά με την μυστηριώδη και παντοδύναμη οργάνωση γνωστή ως Τμήμα Παγκόσμιας Καταστροφής (WCKD). Το ταξίδι τους τούς φέρνει στη Πύρινη Γη, ένα ερημικό τοπίο γεμάτο με αφάνταστα εμπόδια. Ενώνοντας τις δυνάμεις τους με αντιστασιακούς πολεμιστές, τα μέλη της ομάδας τα βάζουν με τις κατά πολύ ανώτερες δυνάμεις του WCKD και αποκαλύπτουν τα σοκαριστικά της σχέδια για αυτούς.