Στην Τάιμς Σκουέρ της Νέας Υόρκης, εντοπίζεται μία κοπέλα χωρίς μνήμη και με το σώμα της καλυμμένο με αινιγματικά τατουάζ. Τώρα, το FBI ερευνά ένα μυστήριο που θα μπορούσε να αλλάξει τον κόσμο...
Η ομάδα επιχειρεί να εμποδίσει έναν διεφθαρμένο πράκτορα να πουλήσει πυραύλους σε ένα καρτέλ ναρκωτικών, ενώ ο Γουέλερ προσπαθεί να κρατήσει την ομάδα ενωμένη παρά τη ρήξη με τη Τζέιν και παρά την προσθήκη της νέας αρχηγού στην ομάδα.
Ο Γουέλερ και η ομάδα δίνουν μάχη με το χρόνο για να σταματήσουν μία σειρά βομβαρδισμών στη Νέα Υόρκη, ενώ η Τζέιν αναγκάζεται να φέρει εις πέρας μια αποστολή για να αποδείξει την αφοσίωσή της... ή, διαφορετικά, να υποστεί τις συνέπειες.
Η Νας και ο Γουέλερ εξερευνούν τη δυναμική τους ως επικεφαλής της ομάδας, η οποία, στο γκαλά ενός μουσείου, αναζητά έναν δολοφόνο που κρύβει ένα σκοτεινό μυστικό. Στο μεταξύ, η Τζέιν βλέπει μια πιο ήπια πλευρά της παλιάς της οργάνωσης.
Μετά την απόπειρα δολοφονίας ενός επιφανούς πολιτικού κατά τη διάρκεια μιας προεκλογικής συγκέντρωσης, ο Γουέλερ και η ομάδα του αναγκάζονται να συνεργαστούν με την αστυνομικό Αλι Νάιτ για τη σύλληψη του αρχηγού της ιρλανδικής Μαφίας.
Ενώ η Τζέιν φεύγει για μία αποστολή, ο Γουέλερ και η Νας κυνηγούν ένα φυγά πληροφοριοδότη στην Βουλγαρία. Στο μεταξύ, ο Ριντ και η Ζαπάτα πρέπει να χειριστούν ένα επείγον ζήτημα.
Οταν η Τζέιν κι ο Γουέλερ εξαφανίζονται κατά τη διάρκεια μιας αποστολής, η ομάδα ανακρίνει δύο εγκληματίες που θα βοηθήσουν στον εντοπισμό τους. Στο μεταξύ, ο βοηθός εισαγγελέα Βάιτς επιστρέφει με σκοπό να εκδικηθεί την ομάδα.
Με την Πάτερσον να αγνοείται και τον Ρόμαν, ο οποίος έχει χάσει τη μνήμη του, να κυκλοφορεί ελεύθερος, η Τζέιν κι ο Γουέλερ δίνουν μάχη με τον χρόνο αλλά και τη Σέπερντ ώστε να τους εντοπίσουν πριν να είναι αργά.
Μετά την απρόσμενη εμφάνιση ενός από τους πιο καταζητούμενους τρομοκράτες στη Νέα Υόρκη, η ομάδα συνεργάζεται με τη CIA προκειμένου να αποτρέψει μία θανάσιμη επίθεση.
Ενα παράξενο τατουάζ οδηγεί στον Ρόμαν και η ομάδα πρέπει να αποφασίσει αν τον εμπιστεύεται αρκετά ώστε να του αναθέσει μια υπόθεση στην οποία εμπλέκεται μια επικίνδυνη συμμορία μοτοσικλετιστών.
Η ομάδα βρίσκει περισσότερα στοιχεία για την υπόθεση της Sandstorm όταν ανακαλύπτει την πραγματική ταυτότητα της Σέπερντ αλλά και αυτό που τη συνδέει εδώ και δεκαετίες με τον Γουέλερ.
Ενα αυτοκινητιστικό δυστύχημα αποκαλύπτει ότι η Καχίλ βρίσκεται στο στόχαστρο ενός διώκτη και ο Ριγκς με τον Μέρτο αντιστρέφουν τους όρους και αρχίζουν να της κάνουν ερωτήσεις. Στο μεταξύ, ο Ριγκς αποκτά εμμονή με το παρελθόν του Μέρτο.
Ενα από τα τατουάζ της Τζέιν παραπέμπει σε μία μυστική πανεπιστημιακή αδελφότητα. Για να διεισδύσει, όμως, η ομάδα χρειάζεται τη βοήθεια του απόφοιτου Ριτς Ντότκομ.
Τα στοιχεία που προκύπτουν από μια σειρά τατουάζ αναγκάζουν την ομάδα να χωριστεί σε απροσδόκητα ζευγάρια. Ο Γουέλερ με τον Ρόμαν, η Τζέιν με τη Ζαπάτα και η Πάτερσον με τον Ριντ προσπαθούν να εντοπίσουν μία θανάσιμη απειλή του υποκόσμου.
Ο Ριγκς και ο Μέρτο συνεργάζονται ξανά με την πράκτορα της δίωξης ναρκωτικών Κάρεν Πάλμερ για να προστατεύσουν έναν δικηγόρο που έχει συνδεθεί με το καρτέλ. Στο μεταξύ, μια αυθόρμητη απόφαση της Τρις προκαλεί ανησυχία στον Μέρτο.
Με τη βοήθεια της Νας, ο Γουέλερ και η Τζέιν έρχονται αντιμέτωποι με τον πληροφοριοδότη από τη Sandstorm και κλείνουν τις εκκρεμότητές τους με έναν παλιό εχθρό.
Η Τζέιν κι ο Ολιβερ βρίσκονται σε δύσκολη θέση ενώ τα μυστικά τους αποκαλύπτονται. Χωρίς να ξέρουν αν μπορούν να εμπιστευτούν ο ένας το άλλον, πρέπει να μείνουν ζωντανοί καθώς ο Γουέλερ και η ομάδα κάνουν ό,τι μπορούν για να τους σώσουν.
Η ομάδα δυσκολεύεται να υπερασπιστεί τον εαυτό της όταν γίνεται το αντικείμενο της έρευνας ενός παλιού αντιπάλου, ενώ, την ίδια ώρα, με αφορμή ένα τατουάζ ερευνά έναν μυστηριώδη θάνατο στο σπίτι μιας ανάδοχης οικογένειας.
Στο πλαίσιο μιας μυστικής αποστολής, η Τζέιν κι ο Γουέλερ αναλαμβάνουν να εντοπίσουν την διαρροή διαβαθμισμένων εγγράφων από πανίσχυρους χάκερ. Την ίδια ώρα, η Σέπερντ ταξιδεύει στην Ταϊλάνδη για να βρει ένα επικίνδυνο όπλο.
Αδυνατώντας να αποβάλλει την παραβατική συμπεριφορά της, η Ζαπάτα καταλήγει στη φυλακή μαζί με ένα πιθανώς ισχυρό μέλος της Sandstorm. Στο μεταξύ, ο Γουέλερ και η ομάδα καταβάλλουν μεγάλη προσπάθεια για να τη βοηθήσουν.
Στο φινάλε του 2ου κύκλου, η ομάδα του FBI προσπαθεί να διαχειριστεί μια τραγωδία. Την ίδια ώρα, ο Γουέλερ βρίσκεται στο επίκεντρο μιας απρόσμενης κατάστασης ενώ η Τζέιν έρχεται αντιμέτωπη με το αβέβαιο μέλλον της.
