Η Ελένη Χοϊδά ξεκίνησε τη σταδιοδρομία της στην ΕΡΤ από το 1978 ως συνεργάτης του Τμήματος Ψυχαγωγικών Εκπομπών, υπό τον Γιώργο Παπαστεφάνου και τη Φραγκίσκη Καρόρη και του Τμήματος Παιδικών Εκπομπών, υπό τον Νίκο Πιλάβιο ενώ από το 1981 συνέχισε ως τακτική υπάλληλος.
Έχει σπουδάσει διοίκηση επιχειρήσεων στο Deree, μιλάει άπταιστα αγγλικά και γαλλικά και έχει εργαστεί διαδοχικά στη Διεύθυνση Τηλεόρασης της Γενικής Διεύθυνσης ΕΡΤ1 έως το 1981, στο Τμήμα ειδικών εκπομπών και διεθνών παραγωγών έως το 1984 και στο σχεδιασμό και την παραγωγή τηλεοπτικών εκπομπών, δραματοποιημένων σειρών, τηλεταινιών και ντοκιμαντέρ έως το 1997.
Το 1997 ανέλαβε προϊσταμένη του Τμήματος Διεθνών Συμπαραγωγών, το 2002 Διευθύντρια Προγράμματος και από το 2004 έως τον Απρίλιο του 2012 υπηρετούσε ως σύμβουλος προγράμματος της Γενικής Διεύθυνσης Τηλεόρασης της ΕΡΤ.