Πρεμιέρα 3ου κύκλου. Ο Γκόρντον αναζητά απαντήσεις σχετικά με τους δραπέτες του Ιντιαν Χιλ και γιατί οι υπερδυνάμεις που έχουν αποκτήσει τους σκοτώνουν. Ο σωσίας του Μπρους είναι ελεύθερος ενώ η Μπάρμπαρα και η Τάμπιθα ανοίγουν νέο κλαμπ.
Η Φις Μούνεϊ παίρνει την κατάσταση στα χέρια της και, για να εντοπίσει τον Στρέιντζ, αναγκάζει τον Γκόρντον να συνεργαστεί με τη δημοσιογράφο Βάλερι Βέιλ. Η έρευνα του Μπρους κινδυνεύει ενώ η Αϊβι επιστρέφει στο Γκόθαμ.
Ο υπνωτιστής Τζέρβις Τετς καταφτάνει στο Γκόθαμ για να βρει την αδελφή του και προσλαμβάνει τον Γκόρντον για να τον βοηθήσει. Ο Πιγκουίνος αποφασίζει να θέσει υποψηφιότητα για δήμαρχος ενώ ο σωσίας του Μπρους προκαλεί σύγχυση στην πόλη.
Οσο πιο κοντά βρίσκεται στο χρίσμα για τη δημαρχία του Γκόθαμ, ο Πιγκουίνος κερδίζει δύναμη. Ο Γκόρντον παραδίδει την Αλις στην αστυνομία για την αμοιβή ενώ ο Μπρους ψάχνει τον σωσία του αφού έμαθε ότι έχει υποκλέψει την ταυτότητά του.
Με την εγκληματικότητα στο Γκόθαμ να βρίσκεται στα ύψη, ο Πιγκουίνος δυσκολεύεται να κρατήσει την υπόσχεση που έδωσε στην πόλη. Στο μεταξύ, ο Μπουτς βαδίζει σε σκοτεινά μονοπάτια με μια διαβόητη συμμορία ενώ ο Μπρους αναζητά την Αϊβι.
Ο Μαντ Χάτερ επικεντρώνεται στα επόμενα θύματά του, αναγκάζοντας τον Γκόρντον να πάρει μερικές δύσκολες αποφάσεις. Στο μεταξύ, η σχέση του Πιγκουίνου και του Νίγκμα περιπλέκεται ενώ ένα γνώριμο πρόσωπο επανέρχεται στη ζωή του Νίγκμα.
Αφού έρχεται σε επαφή με μια παραισθησιογόνο ουσία εξαιτίας του Μαντ Χάτερ, ο Γκόρντον βιώνει ένα ψυχεδελικό ταξίδι κι έρχεται αντιμέτωπος με το παρελθόν, το παρόν και το μέλλον του. Ο Πιγκουίνος βρίσκεται σε δύσκολη θέση λόγω του Νίγκμα.
Ως συνέπεια ενός πρόσφατου επεισοδίου, ο Μπαρνς αρχίζει να χάνει το μυαλό του. Στο μεταξύ, ο Νίγκμα βρίσκεται έξω απ' τα νερά του στη σχέση του με την Ιζαμπέλα ενώ ο Κάρμαϊν Φαλκόν οργανώνει ένα πάρτι αρραβώνων για τον Μάριο και τη Λι.
Ο Γκόρντον κι ο Μπούλοκ υποψιάζονται τον Μπαρνς κι ερευνούν τα στοιχεία από το φόνο στο πάρτι της Λι και του Μάριο. Στο μεταξύ, η Αϊβι αποκαλύπτει την ταυτότητά της στη Σελίνα και τον Μπρους αλλά γρήγορα τους δημιουργεί προβλήματα.
Μια απειλή εναντίον του Μάριο και της Λι αποκαλύπτεται λίγο πριν την πρόβα του γάμου κι ο Κάρμαϊν Φαλκόν ζητά τη βοήθεια του Γκόρντον. Ο Νίγκμα είναι διψασμένος για εκδίκηση ενώ ο Μπρους μαθαίνει περισσότερα για μια εγκληματική οργάνωση.
Με τον ιό να εξαπλώνεται, το εργαστήριο που κατασκευάζει το αντίδοτο τίθεται σε κίνδυνο. Ο Μάριο κι ο Γκόρντον έρχονται αντιμέτωποι, η Σελίνα έχει μια απροσδόκητη συνάντηση και η Μπάρμπαρα δίνει στον Νίγκμα πληροφορίες για την Ιζαμπέλα.
Ο Μπρους και η Σελίνα έρχονται αντιμέτωποι με την μητέρα της, η οποία επιστρέφει στο Γκόθαμ. Την ίδια στιγμή, μαθαίνοντας ότι ο Γκόρντον πυροβόλησε τον Μάριο, ο Φαλκόν υπογράφει συμβόλαιο θανάτου εις βάρος του.
Πριν τον Μπάτμαν, υπήρχε... το Γκόθαμ! Η σειρά ακολουθεί την πορεία του γενναίου αστυνομικού Τζέιμς Γκόρντον, σε μια πόλη βυθισμένη στην παρανομία, κι αφηγείται το χρονικό της 'γέννησης' του Σκοτεινού Ιππότη.
Με τον Τζερόμ να κυκλοφορεί ελεύθερος, ο Μπρους κι ο Αλφρεντ κινδυνεύουν. Ο Γκόρντον δέχεται επίσκεψη από τον θείο του ενώ ο Νίγκμα κι ο Πιγκουίνος αναγκάζονται να λύσουν τις διαφορές τους, γεγονός που ίσως επιφέρει θανάσιμες συνέπειες.
Πεπεισμένος ότι δεν χρειάζεται τον Πιγκουίνο, ο Νίγκμα αρχίζει να συστήνεται στο Γκόθαμ ως ο 'Riddler'. Κι ενώ ο Μπούλοκ κι ο Λούσιους Φοξ μπλέκονται στα παιχνίδια μυαλού του Νίγκμα, ο Γκόρντον μαθαίνει νέα για το θάνατο του πατέρα του.
Η Αυλή των Γλαυκών καταστρώνει ένα νέο σχέδιο για το Γκόθαμ. Ο Γκόρντον ανακαλύπτει πληροφορίες για το παρελθόν του πατέρα και του θείου του που τον συνδέουν με την οργάνωση. Ο Μπρους ξυπνά στον ναό και μαθαίνει την επιθυμία του Σαμάνου.
Μερικές από τις πιο ιδιαίτερες προσωπικότητες του Γκόθαμ ενώνουν τις δυνάμεις τους, την ώρα που ο Riddler κατακτά την πόλη. Στο μεταξύ, ο Γκόρντον συνεχίζει να αναζητά απαντήσεις και όλοι οι δρόμοι τον οδηγούν στην Αυλή των Γλαυκών.
Ο Γκόρντον ανακαλύπτει το όπλο με το οποίο η Αυλή των Γλαυκών σκοπεύει να καταστρέψει το Γκόθαμ, γεγονός που τον οδηγεί σε επικίνδυνα μονοπάτια. Στο μεταξύ, η Κάθριν και ο Σαμάνος αποκαλύπτουν την επόμενη κίνησή τους στον Μπρους.
Ο Σαμάνος αποκαλύπτει τις προθέσεις του στον Μπρους Γουέιν κι ετοιμάζει την επόμενη φάση της εκπαίδευσης. Ο Γκόρντον κι ο Μπούλοκ βρίσκονται σε κίνδυνο ενώ ο Νίγκμα κι ο Πιγκουίνος συνεργάζονται για να ξεφύγουν από μια δύσκολη κατάσταση.
Ο Γκόρντον δίνει μάχη με τον χρόνο για να σώσει την πόλη από τον ιό. Ο Αλφρεντ βλέπει σημαντική διαφορά στον Μπρους μετά τη δουλειά του με τον Σαμάνο ενώ μερικοί από τους πιο ανισόρροπους κακούς του Γκόθαμ ενώνουν τις δυνάμεις τους.
Με τον ιό να εξαπλώνεται στην πόλη, η έρευνα για το αντίδοτο συνεχίζεται ενώ η Φις Μούνεϊ, ο Riddler κι ο Πιγκουίνος έχουν τα δικά τους σχέδια. Ο Μπρους ολοκληρώνει την τελευταία του αποστολή αλλά δε μπορεί να ξεφύγει από το παρελθόν του.
