Γεννημένη στην Αθήνα, η Στέλλα Θεοδωράκη σπούδασε Οικονομικές επιστήμες στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, σκηνοθεσία στη σχολή Σταυράκου, κινηματογράφο και φιλοσοφία της τέχνης στη Σορβόννη Παρίσι I, όπου ολοκλήρωσε τη διδακτορική της διατριβή με θέμα κινηματογράφο. Η Avant-Garde στον κινηματογράφο της δεκαετίας του ΄20 / Αφηρημένη τέχνη, νταντά, κυβισμός, σουρεαλισμός (εκ. Νεφέλη, 1990).

Εργάζεται ως σκηνοθέτης / παραγωγός κινηματογραφικών ταινιών στην Αθήνα και είναι ιδρυτικό μέλος της εταιρείας Φαντασία Οπτικοακουστική Ε.Π.Ε, την οποία δημιούργησε μια μικρή ομάδα κινηματογραφιστών, με σκοπό την παραγωγή ανεξάρτητων ταινιών.

Έχει διδάξει αισθητική και σκηνοθεσία του κινηματογράφου στο Πανεπιστήμιο του Ρεθύμνου (Τμήμα Θεατρολογίας - Mουσικολογίας), στην Ανώτατη Σχολή Καλών Τεχνών Αθήνας (Μεταπτυχιακό τμήμα Ψηφιακές Μορφές Τέχνης) και στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (τμήμα Κινηματογράφου).

Στη φιλμογραφία της περιλαμβάνονται οι μικρού μήκους ταινίες Plumeria Rubra (1988, Βραβείο φωτογραφίας) και Πλαστικό (1989, Βραβείο ταινίας μικρού μήκους (ex-aequo) Φεστιβάλ Θεσσαλονίκης 1989 - Κρατικό βραβείο ΥΠΠΟ 1990), τα ντοκιμαντέρ Από το Μοναδικό στο Πολλαπλό (1993, Βραβείο ντοκιμαντέρ μεγάλου μήκους, Φεστιβάλ Θεσσαλονίκης 1993 - Κρατικό βραβείο ντοκιμαντέρ 1994 - Βραβείο Amascultura film festival, 1995 - Συλλογή του Μουσείου Μοντέρνας Τέχνης, Παρίσι 1994), Είδωλα της Πόλης: οι Μητροπόλεις των Ειδώλων (1994) - Συμμετοχή της σειράς στην Biennale Αρχιτεκτονικής, Σικάγο, 1994, Πώς σε λένε; (1998, συνσκηνοθεσία με τoν Θάνο Aναστόπουλο) και Σαν Όνειρο Πρωινό. Εμμανουήλ Κριαράς: μνήμες ενός αιώνα (2005), καθώς και η σειρά ντοκιμαντέρ Μόδα και Πολιτισμός στον 20ο αιώνα (1991) Μόδα-Σώμα-Ποίηση - Βραβείο ντοκιμαντέρ Κινηματογράφος και Πραγματικότητα (1991) - Διάκριση YΠΠO 1992.

Το 2002 σκηνοθετεί την πρώτη της μεγάλου μήκους ταινία μυθοπλασίας Πάρα λίγο πάρα Πόντο πάρα Τρίχα (Close...so close www.closesoclose.gr - Kρατικό Βραβείο μοντάζ 2002).

Το Ricordi mi παραγωγής 2009 (συμπαραγωγή Φαντασία Οπτικοακουστική EΠE / Ελληνικό Κέντρο Κινηματογράφου / ET1), είναι η δεύτερή της μεγάλου μήκους ταινία μυθοπλασίας (35mm).