Σκοτάδι μαύρο έχει απλωθεί πάνω από την Νέα Υόρκη, καθώς ο Σρέντερ και η σατανική συμμορία του (Foot Clan) σταδιακά αποκτούν τον απόλυτο έλεγχο, από την αστυνομία μέχρι τους πολιτικούς στοχεύοντας στην απόλυτη οικονομική κυριαρχία τους. Το μέλλον προβλέπεται πολύ άσχημο μέχρι τη στιγμή που τέσσερα περιθωριακά αδέρφια (τέσσερις μεταλλαγμένες χελώνες-έφηβοι) βγαίνουν από τους υπονόμους και ανακαλύπτουν πως το πεπρωμένο τους είναι να πολεμήσουν για να σώσουν την πόλη… ως Χελωνονιτζάκια. Γιατί… η πόλη χρειάζεται ήρωες. Τα Χελωνονιντζάκια σε αυτήν την αποστολή ζωής και θανάτου θα πρέπει να συνεργαστούν με την ατρόμητη δημοσιογράφο Έιπριλ Ο'Νιλ (Μέγκαν Φοξ) και τον εξυπνάκια κάμεραμάν της (Γουίλ Αρνέτ) προκειμένου να σώσουν την πόλη και να φέρουν στο φως το διαβολικό σχέδιο του Σρέντερ.