Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του...

Οι δυο συνέχειες The Matrix Reloaded και The Matrix Revolutions, αποτελούν μια ενιαία ταινία χωρισμένη σε δυο μέρη. Το τρίτο μέρος, έχει ως θέμα το θάνατο και πρωταγωνιστές είναι, για ακόμα μια φορά, ο Νίο, η Τρίνιτη και ο Μορφέας.

Ο αγώνας των μοναδικών ανθρώπων που έχουν επιβιώσει ενάντια στις μηχανές, οι οποίες κυριαρχούν στο Matrix, συνεχίζεται και κορυφώνεται.

Η τρίτη συνέχεια, αντίθετα με τις δυο προηγούμενες ταινίες, μας δείχνει τον πόλεμο των ανθρώπων με τις μηχανές, στα χαλάσματα του πραγματικού κόσμου, εκτός των ορίων του Matrix.