Ο Πορτογάλος ιεραπόστολος Σεμπαστιάου Ροντρίγκες, φτάνει στην Ιαπωνία του 17ου αιώνα για να εμψυχώσει τους καταπιεζόμενους χριστιανούς Ιάπωνες, αλλά και να ανακαλύψει την αλήθεια που κρύβεται πίσω από την αποστασία του προκατόχου του, του έμπειρου ιεραπόστολου Φερέιρα, ο οποίος δεν άντεξε τα πολλαπλά μαρτύρια. O Ροντρίγκες θα βρεθεί, κι αυτός, σύντομα μπροστά σε τρομερά ηθικά διλήμματα αλλά κυρίως μπροστά στη σιωπή του Θεού, ο οποίος μοιάζει να αποδέχεται τα φριχτά βασανιστήρια στα οποία υπόκεινται οι πιστοί Του.