υχημένη σειρά τεσσάρων τευχών με ήρωα το Wolverine, ως παρακλάδι της σειράς των X-Men. Την εποχή εκείνη, ο Μίλλερ σχεδίασε και μια σύντομη ιστορία του Μπάτμαν για μια ειδική εορταστική έκδοση της DC Comics.
Ο Μίλλερ επέστρεψε με μία σειρά τεσσάρων τευχών με ηρωίδα την Elektra και με τη σειρά Ronin για τη DC Comics, η οποία ήταν η πρώτη φορά που σχεδίαζε νέο ήρωα τον οποίο είχε δημιουργήσει ο ίδιος. Για τη σειρά Ronin η DC Comics εξέδωσε έξι τεύχη από το 1983 μέχρι το 1984. Με τη σειρά αυτή, ο Μίλλερ εκλέπτυνε την τεχνική του και απέδειξε ότι ο νεωτερισμός στον κόσμο του κόμικ μπορεί να γνωρίσει υψηλές πωλήσεις. Το 1985, ο Μίλλερ παρουσίασε μόνο ένα τευχος Daredevil (τεύχος 219), για να επιστρέψει το 1986 με την αποκορύφωση της ως τότε δημιουργικότητάς του δίνοντας νέα πνοή σ' έναν από τους παλαιότερους χαρακτήρες των κόμικ.

Το 1986 η DC Comics εξέδωσε το πρώτο τεύχος του Batman: The Dark Knight Returns (γνωστό και ωςDKR).
Ο Μίλλερ έγραψε το σενάριο και συνέχισε να εξελίσσει το πρωτοπόρο προσωπικό του ύφος. Η σειρά αποτελείται από τεσσάρα τεύχη και πραγματοποιήθηκε σε συνεργασία με τους Lynn Varley και Klaus Janson.
Η ιστορία παρουσιάζει τον Batman, ο οποίος είχε αποσυρθεί μετά το θάνατο του Robin, να επιστρέφει για να καταπολεμήσει το έγκλημα σε ένα μελλοντικό κόσμο όπου η βία και η εγκληματικότητα γνωρίζουν μνημειώδη έξαρση.
Με σκοπό να γράψει το τέλος της ιστορίας του βαθύπλουτου υπερήρωα, ο Μίλλερ περιγράφει έναν σκληρό και ψυχωτικό Batman. Η ανταπόκριση των αναγνωστών ήταν ενθουσιώδης και ο "Σκοτεινός Ιππότης" κατάφερε να ξεφύγει από την εικόνα που είχε αποκτήσει από της τηλεοπτικές σειρές της δεκαετίας του 60.
Ο Batman του Μίλλερ είχε μεγάλη απήχηση στη βιομηχανία του κόμικ και έδωσε έναυσμα για πολλούς σκοτεινότερους και ρεαλιστικότερους ήρωες κόμικ. Υπήρξε δε πηγή έμπνευσης για τον Tim Burton, όταν εκείνος σκηνοθέτησε την ταινία του Batman το 1989. Η σειρά του Μίλλερ συνεχίζει να επανεκδίδεται 20 χρόνια μετά από την πρώτη κυκλοφορία της.

Το 1986 ο Μίλλερ επέστρεψε και στον Daredevil για να ανανεώσει τον ήρωα με το Daredevil: Born Again και το Daredevil: Love and War. Συνέχισε με την σειρά οκτώ τευχών Elektra: Assassin για την Epic Comics, χωρίς όμως να γνωρίσει την επιτυχία του Batman του.
Η σημαντικότερη ιστορία του Μίλλερ σ'αυτή την περίοδο ήταν το Batman: Year One σε συνεργασία με τον Mazzuchelli.
Εδώ ο Μίλλερ περιέγραφε λεπτομερώς την αρχή των περειπετιών του Batman, προσαρμώζοντάς τη στις απαιτήσεις του Dark Knight. Αυτό το κόμικ του επανέφερε την προηγούμενη επιτυχία του το 1988 και συνεχίζει να επανεκδίδεταιαπό τη DC.

Ακόμη, ο Μίλλερ σχεδίασε εξώφυλλα για τα πρώτα δώδεκα τεύχη της αμερικανικής έκδοσης του Lone Wolf and Cub, προωθώντας τα ιαπωνικά manga στο δυτικό κοινό.
Τη ίδια εποχή ο Μίλλερ (μαζί με τους Marv Wolfman, Alan Moore και Howard Chaykin) ήρθε σε ρήξη με τη DC Comics σχετικά με τις ταμπέλες των κόμικ. θεωρώντας ότι έχει υποστεί μια μορφή λογοκρισίας αποφασίζει να πάψει τη συνεργασία του με τη DC και να συνεχίσει με την Dark Horse Comics.
Εφεξής ο Μίλλερ θα υποστήριζε τα δικαιώματα των δημιουργών και θα καταπολεμούσε κάθε μορφή λογοκρισίας στα κόμικ.

Ο Μίλλερ είχε την πρόθεση να εκδίδει πια τα έργα του αποκλειστικά σε συνεργασία με τη Dark Horse, όμως εξέδωσε ένα κόμικ με τη Epic Comics, το Elektra Lives Again.
Το κόμικ εξιστορούσε την επιστροφή της ηρωίδας Elektra (η οποία είχε σκοτωθεί σε προηγούμενο επεισόδιο) και εμφάνισε έντονα πειραματικό ύφος.
Το 1990 ο Μίλλερ έγραφε το σενάριο των τριών τευχών του κόμικ Hard Boiled, σε σχέδιο του Geoff Darrow.
Το Hard Boiled χαρακτήριζε ένα μείγμα σάτιρας και βιαιότητας, αλλά υπέφερε από τα μεγάλα χρονικά διαστήματα μεταξύ των τευχών.
Παράλληλα σε συνεργασία με τον σχεδιαστή Dave Gibbons, ο Μίλλερ παρήγαγε τα τέσσερα τεύχη του Give Me Liberty, με τη Dark Horse. Άλλο ένα μείγμα δράσης και πολιτικής σάτιρας, το οποίο καθιέρωσε τον Μίλλερ ως δημιουργό κόμικ για ενήλικους. Ακολούθησαν πολλές συνέχειες και ειδικά τεύχη του Give Me Liberty, από το ίδιο πάντα δημιουργικό δίδυμο.

Επίσης, ο Μίλλερ έγραψε τα σενάρια των κινηματογραφικών ταινιών RoboCop 2 και RoboCop 3. Καμία όμως από τις δύο ταινίες δεν έχαιρε αναγνώρισης από την κριτική. Ο ίδιος ο Μίλλερ δήλωσε ότι δεν θα ξαναεπέτρεπε στο Hollywood να προσαρμόσει τα έργα του στον κινηματογράφο, υποστηρίζοντας ότι τα σενάριά του είχαν υποστεί αλλαγές που δεν ήθελε. Από το 2003 τα σενάρια του RoboCop χρησιμοποιήθηκαν για την προσαρμογή σε κόμικ.

Το 1993 το Daredevil: Man Without Fear (Marvel Comics) σε σχέδιο του John Romita Jr. επανερχόταν στην αρχή της ιστορίας του Daredevil, με τρόπο ανάλογο με το Batman: Year One. Η επιστροφή του Μίλλερ στους υπερήρωες συνέχισε με το σενάριο του 11ου τεύχους του κόμικ Spawn του Todd McFarlane, καθώς και το ειδικό τεύχος συνάντησης του Σπόουν με τον Μπάτμαν για την Image Comics.
Το 1993 ο Μίλλερ ξεκίνησε την πρώτη ιστορία της διάσημης σειράς του Sin City (Αμαρτωλή Πόλη).
Το κόμικ πρωτοεμφανίστηκε στον κύκλο Dark Horse Presents (τεύχη 51 με 62) και ήταν η πρώτη δουλεία του που πραγματοποίησε μόνος, χρησιμοποιώντας ασπρόμαυρα σχέδια, για να τονίσει το ύφος "φιλμ νουάρ". Χάρη στην επιτυχία της η σειρά επανεκδόθηκε σε τόμο και απετέλεσε το 2005 το τεύχος με τίτλο The Hard Goodbye.
Η Αμαρτωλή Πόλη υπήρξε η κύρια ενασχόληση του Μίλλερ μέχρι το τέλος της δεκαετίας του 90. Οι επτά τόμοι της σειράς του προσέφεραν μεγάλη αναγνώριση και εμπορική επιτυχία.
Ένα ευρύτερο κοινό, που δεν είχε απαραιτήτως τη συνήθεια της ανάγνωσης κόμικ, αγάπησε το πεπειραμένο και ώριμο ύφος του Μίλλερ. Το σχέδιό του καθώς και η μέθοδος αφήγησης είχαν εξελιχθεί κατά τη διάρκεια των προηγούμενων δεκαετιών για να φτάσουν στο επίπεδο της Αμαρτωλής Πόλης, κόμικ που σημάδεψε όσο λίγα την εποχή του.

Το 1995, ο Μίλλερ σε νέα συνεργασία με τον Darrow παρουσίασε το Big Guy and Rusty the Boy Robot — φόρος τιμής στις ταινίες Godzilla, στο Astro Boy και τις πατριωτικές αμερικανικές ταινίες σχετικά με το Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο. patriotic American films from World War II. Η σειρά κυκλοφόρησε από τη Dark Horse Comics και το 1999 παρουσιάστηκε ως κινούμενο σχέδιο στο κανάλι Fox Kids.
Ο Μίλλερ ξεκίνησε τη νέα χιλιετία με τη συνέχεια του Batman: The Dark Knight Returns για τη DC Comics, αφού λύθηκαν τα προβλήματα που είχαν δημιουργηθεί στο παρελθόν.
Η νέα τριλογία Batman: The Dark Knight Strikes Again γνώρισε υψηλές πωλήσεις, παρά τις ανάμικτες κριτικές.
Οι αρνητικές κριτικές αφορούσαν την απλότητα του σχεδίου και τον αφύσικο χρωματισμό. Άλλοι αναγνώρισαν στο έργο το ιδιαίτερα μοντέρνο του ύφος που πατά ταύτα σεβόταν το γνώριμο στιλ του Μίλλερ.
Η στάση του Μίλλερ ως προς τον κινηματογράφο άλλαξε, καθώς ενέκρινε τη μέθοδο του Robert Rodriguez και του επέτρεψε να προσαρμόσει την "Αμαρτωλή Πόλη" στη μεγάλη οθόνη. Το 2005 παρουσιάστηκε στο αμερικανικό κοινό η ταινία Sin City, η οποία ήταν τελείως πιστή στο ύφος του κόμικ και ο Μίλλερ παρουσιάστηκε και εκείνος σαν σκηνοθέτης της ταινίας. Η μεγάλη επιτυχία της ταινίας κίνησε το ενδιαφέρον πολλών προς το κόμικ, το οποίο επανεκδόθηκε και γνώρισε νέα εμπορική απήχηση. Προβλέπεται συνέχεια της ταινίας στον κινηματογράφο καθώς και στη τηλεόραση, με τις ιστορίες του κόμικ που δεν είχαν συμπεριληφθεί στη πρώτη ταινία, αλλά και νέες ιστορίες που προτίθεται να γράψει ο Μίλλερ.

Το 2007, η ταινία 300 σε σκηνοθεσία Zack Snyder, βασισμένη στο κόμικ που ο Μίλλερ είχε εκδώσει το 1998, σημείωσε σημαντικότατη επιτυχία παγκοσμίως. Η ταινία, όπως και το κόμικ, εξιστορούν τα πολεμικά κατορθώματα του βασιλιά Λεωνίδα και των 300 Σπαρτιατών κατά των Περσών.
Το ύφος του Μίλλερ και η τάση προς την ηρωική φαντασία και την υπερβολή χάρισαν στην ταινία τον δραματικό και άκρως αποτελεσματικό της χαρακτήρα, αλλά κίνησαν τη μήνη της Ιρανής κυβέρνησης.

Μετά από πολλά χρόνια γάμου ο Μίλλερ χώρισε με τη Lynn Varley, η οποία είχε αναλάβει το χρωματισμό πολλών από τα έργα του. Ενώ πρόσφατα ανακοίνωσε ότι η συνέχεια του Batman θα λέγεται "Holy Terror, Batman!" και θα περιγράφει τη μάχη του υπερήρωα κατα της Αλ Κάιντα.