1880. Το 1887 ο πατέρας του έπαθε κάταγμα στο μηρό, το οποίο ουσιαστικά τερμάτισε την καριέρα του ως παίκτη κρίκετ, με αποτέλεσμα τα εισοδήματά του από το κατάστημα που είχε να μην επαρκούν. Για να αντεπεξέλθει οικονομικά η οικογένεια, ώθησε τα αγόρια να αναζητήσουν θέσεις μαθητευόμενων σε διάφορα επαγγέλματα.
Από το 1881 ως το 1883 ο Γουέλς είχε μια μαθητεία ως ταπετσέρης, με τις εμπειρίες του εκεί να αποτελούν έμπνευση για τα μυθιστορήματά του "Οι Τροχοί της Τύχης" (The Wheels of Chance) και "Κιπς" (Kipps), τα οποία περιγράφουν τη ζωή ενός μαθητευόμενου ταπετσέρη και κριτικάρουν την κατανομή του πλούτου.

Οι γονείς του Γουέλς δεν είχαν ποτέ ιδιαίτερα καλή σχέση μεταξύ τους (εκείνη ήταν Προτεστάντισσα, ενώ εκείνος οπαδός της ελεύθερης σκέψης) και, όταν εκείνη επέστρεψε στη δουλειά της ως οικιακή βοηθός (στο Άπαρκ, μια αγροικία στο Σάσσεξ), μια από τις προϋποθέσεις εργασίας ήταν ότι δεν θα της επιτρεπόταν χώρος για τον σύζυγο ή τα παιδιά της. Από κει και μετά αυτή και ο Τζόζεφ ζούσαν ξεχωριστές ζωές, αν και δεν πήραν ποτέ διαζύγιο, ούτε ανέπτυξαν σχέσεις με άλλους συντρόφους. Όσο για τον Γουέλς, όχι απλώς απέτυχε στη μαθητεία του στα υφάσματα, αλλά και ως βοηθός φαρμακοποιού και μετά από κάθε αποτυχία επέστρεφε σπίτι λέγοντας «ο άσωτος υιός επέστρεψε και πάλι!» και έμενε εκεί μέχρι να κανονιστεί ένα νέο ξεκίνημα γι' αυτόν.
Ευτυχώς για τον Γουέλς, το Άπαρκ είχε μια εξαιρετική βιβλιοθήκη στην οποία βυθιζόταν, διαβάζοντας πολλά κλασικά έργα, ανάμεσά τους την Πολιτεία του Πλάτωνα και την Ουτοπία του Τόμας Μορ.
Το 1883 ο Γουέλς έπεισε τους γονείς του να υπογράψουν τα έγγραφα που τον απάλλασσαν από τη μαθητεία, δράττοντας έτσι την ευκαιρία να γίνει μαθητής αλλά και δάσκαλος στο σχολείο Μίντχερστ (Midhurst Grammar School) στο δυτικό Σάσεξ. Τα χρόνια στο Σάουθσι ήταν τα μέχρι τότε χειρότερα της ζωής του, όμως η εξασφάλιση της θέσης στο Μίντχερστ εξασφάλισε τη συνέχιση της εκπαίδευσης του Γουέλς.
Την επόμενη χρονιά ο Γουέλς κέρδισε υποτροφία για τη σχολή Normal School of Science (η οποία μετεξελίχθηκε στο σημερινό Imperial College), όπου σπούδασε Βιολογία υπό τον Τόμας Χάξλεϋ. Ως απόφοιτος, βοήθησε αργότερα στη δημιουργία της Ένωσης Βασιλικού Κολεγίου Επιστημών (Royal College of Science Association), της οποίας έγινε ο πρώτος Πρόεδρος το 1909. Ο Γουέλς σπούδασε στη σχολή αυτή μέχρι το 1887, με εβδομαδιαίο εισόδημα 21 σελινιών από την υποτροφία του.
Αν και αυτό θα έπρεπε να ήταν επαρκές ποσό (εκείνη την εποχή πολλές οικογένειες της εργατικής τάξης είχαν αντίστοιχο ποσό ως το συνολικό εισόδημα της οικογένειας), εντούτοις στο Πείραμα στην Αυτοβιογραφία ο Γουέλς αναφέρει πως ήταν συνεχώς πεινασμένος, κάτι που ενισχύουν φωτογραφίες του από εκείνη την περίοδο, που τον δείχνουν υπερβολικά αδύνατο.

Σύντομα μπήκε στο Σωματείο Διαλέξεων της σχολής.
Αυτά τα χρόνια σηματοδοτούν την έναρξη του ενδιαφέροντός του σε μια πιθανή αναμόρφωση της κοινωνίας. Προσεγγίζοντας αρχικά το θέμα μέσω της Πολιτείας του Πλάτωνα, σύντομα στράφηκε στις σύγχρονες ιδέες του σοσιαλισμού, όπως εκφράστηκαν από την μόλις σχηματισμένη Fabian Society και τις ελεύθερες διαλέξεις στην Οικία Κέλμσκοτ, το σπίτι του Γουίλιαμ Μόρις. Ήταν, επίσης, ανάμεσα στους ιδρυτές του σχολικού περιοδικού The Science School Journal, το οποίο του επέτρεπε να εκφράζει τις απόψεις του πάνω στη λογοτεχνία και την κοινωνία, όπως και να δοκιμάζει τις λογοτεχνικές του δυνάμεις: η πρώτη εκδοχή του μυθιστορήματός του Η Μηχανή του Χρόνου, δημοσιεύτηκε στο περιοδικό με τον τίτλο "Οι Χρόνιοι Αργοναύτες" (The Chronic Argonauts). Το ακαδημαϊκό έτος 1886-1887 ήταν το τελευταίο των σπουδών του. Παρότι είχε προηγουμένως περάσει επιτυχώς τις εξετάσεις του σε Βιολογία και Φυσική, η έλλειψη ενδιαφέροντος για τη Γεωλογία τον οδήγησε σε αποτυχία στις εξετάσεις του μαθήματος και απώλεια της υποτροφίας. Μόλις το 1890 απέκτησε ο Γουέλς πτυχίο Bachelor of Science στην Ζωολογία από το εξωτερικό πρόγραμμα του Πανεπιστημίου του Λονδίνου.

Με την αποχώρησή του από το Normal School of Science, ο Γουέλς απέμεινε χωρίς πηγή εισοδήματος. Η θεία του Μαίρη, εξαδέλφη του πατέρα του, τον προσκάλεσε να μείνει μαζί της για λίγο, ώστε να μην αντιμετωπίζει τουλάχιστον πρόβλημα στέγασης. Κατά τη διαμονή του εκεί, ανέπτυξε ενδιαφέρον για την κόρη της, Ίζαμπελ. Το 1889-90 κατάφερε να εξασφαλίσει μια θέση ως δάσκαλος στο σχολείο Χένλι Χάους (Henley House School), όπου δίδαξε και θαύμασε τον Α. Α. Μιλν. Το πρώτο επιτυχημένο έργο μη-μυθοπλασίας του Γουέλς ήταν το Anticipations (1901). Όταν δημοσιεύτηκε σε επεισόδια σε ένα περιοδικό, είχε τον υπότιτλο «Ένα Πείραμα στην Προφητεία» και θεωρείται το σαφέστερα μελλοντολογικό έργο του. Εκτιμώντας πώς θα είναι ο κόσμος το έτος 2000, το βιβλίο παρουσιάζει ενδιαφέρον τόσο για τις επιτυχίες του (τραίνα και αυτοκίνητα προκύπτουν από την μετακίνηση του πληθυσμού από το κέντρο των πόλεων στα προάστια, οι ηθικοί φραγμοί μειώνονται καθώς άνδρες και γυναίκες αποζητούν μεγαλύτερη σεξουαλική ελευθερία, η πτώση του γερμανικού μιλιταρισμού και η ύπαρξη μιας Ευρωπαϊκής Ένωσης), όσο και για τις αποτυχίες του (δεν περίμενε να υπάρχουν επιτυχή αεροσκάφη πριν το 1950, ενώ ισχυριζόταν ότι «η φαντασία μου αρνείται να δει οποιοδήποτε είδος υποβρυχίου να κάνει κάτι περισσότερο από το να ασφυκτιά το πλήρωμά του και να χάνεται στη θάλασσα»).

Τα πρώτα του μυθιστορήματα, τα οποία αποκαλούνταν «επιστημονικά ρομάντσα», εισήγαγαν έναν αριθμό θεμάτων τα οποία είναι πλέον κλασσικά στην επιστημονική φαντασία, έργα όπως Η Μηχανή του Χρόνου, Το Νησί του Δρ. Μορό, Ο Αόρατος Άνθρωπος, Ο Πόλεμος των Κόσμων, Ο Κοιμώμενος Αφυπνίζεται και το Οι Πρώτοι Άνθρωποι στο Φεγγάρι (όλα εκτός από το Ο Κοιμώμενος έχουν μεταφερθεί στον κινηματογράφο). Έγραψε επίσης και άλλα μυθιστορήματα, όχι φαντασίας, τα οποία έγιναν δεκτά με επαίνους από την κριτική, όπως τα σχεδόν αυτοβιογραφικά "Κιπς" και "Η ιστορία του κυρίου Πόλλυ" καθώς και το Τόνο-Μπάνγκεϊ, μια σάτιρα για τη διαφήμιση στην Εδουαρδιανή περίοδο.

Ο Γουέλς έγραψε δεκάδες μικρές ιστορίες και νουβέλες, η πιο γνωστή από τις οποίες είναι «Η Χώρα των Τυφλών» (1904). Η μικρή ιστορία του «Ο Νέος Επιταχυντής» ήταν η έμπνευση για το επεισόδιο «Το Κλείσιμο του Ματιού» (Wink of an Eye) του αρχικού Σταρ Τρεκ.

Αν και το Τόνο-Μπάνγκεϊ δεν ήταν μυθιστόρημα επιστημονικής φαντασίας, η ραδιενέργεια παίζει ένα μικρό αλλά σημαντικό ρόλο σε αυτό. Η ραδιενέργεια παίζει μεγαλύτερο ρόλο στο Ο Κόσμος Ελευθερώθηκε (1914). Αυτό το βιβλίο περιέχει την πιο επιτυχή πρόβλεψή του. Οι επιστήμονες της εποχής ήξεραν καλά ότι η φυσική ραδιενέργεια του ραδίου απελευθερώνει ενέργεια με αργό ρυθμό σε διάστημα χιλιάδων χρόνων.
Ο ρυθμός εκπομπής είναι πολύ αργός για να έχει πρακτική χρησιμότητα, όμως το συνολικό ποσό ενέργειας που απελευθερώνεται είναι τεράστιο.
Το μυθιστόρημα του Γουέλς περιγράφει μια απροσδιόριστη εφεύρεση η οποία επιταχύνει τη ραδιενεργή διαδικασία, παράγοντας βόμβες οι οποίες εκρήγνυνται με την ισχύ ενός συμβατικού εκρηκτικού, διατηρώντας όμως την έκρηξη για διάστημα πολλών ημερών. «Τίποτα δεν μπορούσε να είναι πιο προφανές στους ανθρώπους των αρχών του εικοστού αιώνα», έγραψε, «από την ταχύτητα με την οποία ο πόλεμος γινόταν αδύνατος... [όμως] δεν το αντιλήφθηκαν μέχρι που η ατομική βόμβα εξερράγη στα αδέξια χέρια τους». Ο φυσικός Λέο Σίλαρντ αναγνώρισε ότι το βιβλίο τον ενέπνευσε να διατυπώσει τη θεωρία της πυρηνικής αλυσιδωτής αντίδρασης.

Ο Γουέλς είχε και σημαντικό μη μυθοπλαστικό έργο.
Το επιτυχημένο δίτομο «Περίγραμμα της Ιστορίας» (1920), ξεκίνησε μια νέα εποχή στην εκλαϊκευμένη παγκόσμια ιστορία, αν και δέχθηκε ανάμικτες κριτικές από επαγγελματίες ιστορικούς. Πολλοί άλλοι συγγραφείς ακολούθησαν με δικά τους «Περιγράμματα» πάνω σε άλλα θέματα.
Ο Γουέλς επαναπροσέγγισε το Περίγραμμά του το 1922, με ένα σημαντικά μικρότερο, αλλά δημοφιλές έργο, το «Μια Σύντομη Ιστορία του Κόσμου», και δύο εκτενέστερες προσπάθειες, τα «Η Επιστήμη της Ζωής» (1930) και «Το Έργο, ο Πλούτος και η Ευτυχία της Ανθρωπότητας» (1931).
Τα Περιγράμματα έγιναν τόσο κοινά, ώστε οδήγησαν τον Τζέιμς Θέρμπερ να παρωδήσει την μόδα αυτή στο χιουμοριστικό δοκίμιο «Ένα Περίγραμμα των Επιστημόνων».

Από νωρίς στην καριέρα του αναζήτησε ένα καλύτερο τρόπο για την οργάνωση της κοινωνίας και συνέγραψε αρκετά ουτοπικά μυθιστορήματα. Το πρώτο από αυτά ήταν το «Μια Μοντέρνα Ουτοπία» (1905), το οποίο δείχνει μια παγκόσμια ουτοπία, «χωρίς εισαγωγές, εκτός των μετεωριτών και χωρίς καθόλου εξαγωγές», στην εναλλακτική ιστορία της οποίας καταλήγουν δύο ταξιδιώτες από τον δικό μας κόσμο.
Τα υπόλοιπα συνήθως ξεκινούν με τον κόσμο να προσεγγίζει την καταστροφή, μέχρι που η ανθρωπότητα ανακαλύπτει ένα καλύτερο τρόπο ζωής: είτε αυτός είναι μυστηριώδη αέρια από ένα κομήτη, που αναγκάζουν τους ανθρώπους να συμπεριφέρονται λογικά και να εγκαταλείπουν έναν πανευρωπαϊκό πόλεμο («Στις Μέρες του Κομήτη» (1906)), είτε είναι η ανάληψη της εξουσίας από ένα παγκόσμιο συμβούλιο επιστημόνων («Η Μορφή των Πραγμάτων που θα Έρθουν» (1933), το οποίο διασκεύασε το 1936 για την ταινία Things to Come του Αλεξάντερ Κόρντα). Αυτό περιέγραφε, με μεγάλη ακρίβεια, τον επερχόμενο Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο, με πόλεις να καταστρέφονται με βόμβες που πέφτουν από τον αέρα. Περιέγραψε επίσης την άνοδο φασιστών δικτατόρων στα «Η Αυτοκρατία του κυρίου Πάρχαμ» (1930) και «Ο Ιερός Τρόμος» (1939), αν και στο πρώτο αποκαλύπτεται στο τέλος ότι η ιστορία αποτελούσε ένα όνειρο του κυρίου Πάρχαμ.
Ο Γουέλς προβληματίστηκε με την ιδέες των εγγενών έναντι των επίκτητων χαρακτηριστικών και αμφισβήτησε την ανθρωπότητα σε βιβλία όπως «Το Νησί του Δρ. Μορό». Δεν τελείωναν όλα τα επιστημονικά του ρομάντζα με ευτυχείς ουτοπίες, μάλιστα έγραψε το πρώτο δυστοπικό μυθιστόρημα (το «Όταν ο Κοιμώμενος Αφυπνίζεται» (1899), που ξαναέγραψε το 1910 ως «Ο Κοιμώμενος Αφυπνίζεται») το οποίο ζωγραφίζει μια μελλοντική κοινωνία όπου οι τάξεις διαχωρίζονται όλο και περισσότερο, οδηγώντας σε εξέγερση των μαζών ενάντια στους κυβερνώντες. Το Νησί του Δρ. Μορό είναι ακόμα πιο σκοτεινό. Ο αφηγητής, όντας παγιδευμένος σε ένα νησί όπου τα ζώα έχουν μετατραπεί ανεπιτυχώς σε ανθρώπινα πλάσματα, τελικά καταφέρνει να επιστρέψει στην Αγγλία. Όπως ο Γκιούλιβερ, έτσι κι ο ήρωας του Γουέλς το βρίσκει αδύνατο να αποτινάξει την αίσθηση ότι οι συνάνθρωποι του είναι οριακά εκπολιτισμένα κτήνη, τα οποία επιστρέφουν σταδιακά στην ζωική τους φύση.

Ο Γουέλς έγραψε επίσης τον πρόλογο για την πρώτη έκδοση των ημερολογίων του Β.Ν.Π. Μπαρμπέλιον, «Το Ημερολόγιο ενός Απογοητευμένου Ανθρώπου», τα οποία εκδόθηκαν το 1919. Καθώς το Μπαρμπέλιον ήταν το ψευδώνυμο του πραγματικού συγγραφέα, πολλοί κριτικοί πίστευαν ότι ο Γουέλς ήταν ο πραγματικός συγγραφέας του Ημερολογίου. Ο ίδιος το αρνιόταν πάντα αυτό, παρότι ήταν σταθερά επαινετικός για το έργο, όμως οι φήμες επέμειναν μέχρι και τον θάνατο του Μπαρμπέλιον αργότερα τον ίδιο χρόνο.

Το 1927 η Φλόρενς Ντικς μήνυσε τον Γουέλς για λογοκλοπή, ισχυριζόμενη ότι είχε κλέψει το μεγαλύτερο μέρος του «Το Περίγραμμα της Ιστορίας» από το έργο «Ο Ιστός», το οποίο είχε υποβάλει εκείνη στην Καναδέζικη Εταιρεία Μακμίλαν, που το απέρριψε μετά από οκτώ μήνες ολιγωρίας. Παρά τις αρκετές ομοιότητες στη διατύπωση και τα εσφαλμένα γεγονότα, το δικαστήριο βρήκε τον Γουέλς αθώο.

To 1934 ο Γουέλς δήλωσε πως ο επόμενος παγκόσμιος πόλεμος, που είχε ήδη περιγράψει στο τελευταίο του βιβλίο, θα ξεσπούσε το 1940, μια πρόβλεψη η οποία έγινε πραγματικότητα ένα μόλις χρόνο νωρίτερα, το 1939.

Το 1936, ενώπιον του Βασιλικού Ιδρύματος, ο Γουέλς ζήτησε την σύνταξη μιας συνεχώς επεκτεινόμενης και μεταβαλλόμενης Παγκόσμιας Εγκυκλοπαίδειας, η οποία θα ελεγχόταν από αυθεντίες του χώρου τους και θα ήταν διαθέσιμη σε κάθε άνθρωπο. Το 1938 δημοσίευσε μια συλλογή δοκιμίων πάνω στην μελλοντική οργάνωση της γνώσης και της εκπαίδευσης, το «Παγκόσμιος Εγκέφαλος», όπου περιλαμβανόταν το δοκίμιο «Η Ιδέα μιας Μόνιμης Παγκόσμιας Εγκυκλοπαίδειας».

Σε όλα του τα συγγράμματα ο Γουέλς έβαζε πάντα ένα μέρος των πολιτικών και κοινωνικών του πεποιθήσεων και θύμωνε όταν το κοινό έκρινε τα βιβλία του απλώς συναρπαστικά ή διασκεδαστικά αναγνώσματα χωρίς να ξεχωρίζει το βαθύτερο νόημα που είχαν. Οι κοινωνικές του πεποιθήσεις αφορούσαν πολλά και διάφορα θέματα όπως τον γάμο, τον έρωτα και τη μόρφωση των πολιτών.
Από άποψη θρησκευτικών πεποιθήσεων ήταν πανθεϊστής.
Κι οι πολιτικές του πεποιθήσεις ήταν το ίδιο πολυπληθείς και ποικίλες κατά καιρούς. Αλλά όσο και ν' άλλαζαν συχνά, η βάση τους ήταν μία: πίστευε στον άνθρωπο και πίστευε στο "απεριόριστο δικαίωμα να σκέπτεται, να κρίνει, και να εκφράζει ο καθένας ελεύθερα τη γνώμη του".

Κοντά στο τέλος του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, οι συμμαχικές δυνάμεις ανακάλυψαν ότι τα SS είχαν συντάξει λίστες διανοούμενων και πολιτικών που προορίζονταν για άμεση εκτέλεση μόλις γινόταν εισβολή στην Αγγλία, στα πλαίσια της εγκαταλειφθείσας επιχείρησης "Θαλάσσιος Λέων" (Seelowe). Το όνομα Χ. Τζ. Γουέλς εμφανιζόταν ψηλά στη λίστα για το «έγκλημα» του ότι ήταν σοσιαλιστής. Ο Γουέλς, ως πρόεδρος της διεθνούς PEN (οργάνωση ποιητών, δοκιμιογράφων και μυθιστοριογράφων), είχε ήδη εξοργίσει τους ναζί με την επίβλεψη της αποβολής της γερμανικής λέσχης PEN από το διεθνές σώμα το 1934, μετά την άρνηση της γερμανικής PEN να δεχθεί μη Άρειους συγγραφείς στους κόλπους της.

Το 1891 ο Γουέλς παντρεύτηκε την εξαδέλφη του Ίζαμπελ Μαίρη Γουέλς, την οποία όμως εγκατέλειψε το 1894 για μία μαθήτριά του, την Έιμι Κάθριν Ρόμπινς, την οποία παντρεύτηκε το 1895. Με την Ρόμπινς απέκτησε δύο γιους: τον Τζορτζ Φίλιπ (γνωστό με το προσωνύμιο Γκιπ) το 1901 και τον Φρανκ Ρίτσαρντ το 1903. Με τη συνεργασία του μεγαλύτερου γιου του και του Ιούλιου Χάξλεϋ έγραψε την "Επιστήμη της Ζωής" (1929).

Κατά τη διάρκεια του γάμου του με την Ρόμπινς είχε εξωσυζυγικές σχέσεις με αριθμό γυναικών, ανάμεσα στις οποίες και οι Μάργκαρετ Σάνγκερ (αμερικανίδα ακτιβίστρια υπέρ της αντισύλληψης) και Ελίζαμπεθ φον Άρνιμ (μυθιστοριογράφος)
. Το 1909 απέκτησε μια κόρη, την Αν-Τζέιν, με την συγγραφέα Άμπερ Ριβς, της οποίας τους γονείς, Γουίλιαμ και Μοντ, τους είχε γνωρίζει μέσω του Συλλόγου Φάμπιαν (Fabian Society). Τέλος, το 1914, απέκτησε άλλον ένα γιο, τον Άντονι Γουέστ, με την μυθιστοριογράφο και φεμινίστρια Ρεβέκκα Γουέστ, η οποία ήταν 26 χρόνια νεώτερή του. Παρά το ότι η Ρόμπινς γνώριζε κάποιες από αυτές τις σχέσεις, παρέμεινε παντρεμένη με τον Γουέλς μέχρι το θάνατό της το 1927.

Ο Χέρμπερτ Τζορτζ Γουέλς πέθανε στις 13 Αυγούστου 1946 σε ηλικία 80 χρονών. Η Μεγάλη Βρετανία τον κατατάσσει ανάμεσα στους καλύτερους συγγραφείς της.
Όμως πέρα από τη λογοτεχνική του αξία, ο Γουέλς υπήρξε ένας άνθρωπος με έντονη δική του προσωπικότητα που αγωνίστηκε για τη βελτίωση της κοινωνίας του.