διήρκεσε 50 χρόνια και απέκτησαν μαζί οκτώ παιδιά, εκ των οποία επέζησαν τα έξι.

Το 1685 εντάχθηκε στην Εξέγερση του Μονμάουθ αλλά έλαβε χάρη. Το 1689 στέφθηκε βασιλιάς της Αγγλίας ο Γουλιέλμος Γ' και ο Φόε έγινε αμέσως ένας από τους στενούς του συμμάχους και μυστικός πράκτορας. Μερικές από τις πολιτικές του νέου βασιλιά οδήγησαν σε σύγκρουση με τη Γαλλία, με αποτέλεσμα να υποστούν ζημιές οι ευημερούσες εμπορικές δραστηριότητες του Φόε, ο οποίος είχε καθιερωθεί ως έμπορος. Το 1692, ο Φόε συνελήφθη για ένα χρέος ύψους 700£, αν και τα συνολικά του χρέη ανέρχονταν μάλλον σε 17.000£. Η στεναχώρια του ήταν μεγάλη γι' αυτό και πάντα υπεράσπιζε τους άτυχους οφειλέτες. Εν τούτοις υπάρχουν ενδείξεις ότι οι οικονομικές συναλλαγές του δεν ήταν πάντα ειλικρινείς.

Αφού αφέθηκε ελεύθερος, πιθανότατα ταξίδεψε στην Ευρώπη και τη Σκωτία και πρέπει να ήταν εκείνη την εποχή που εμπορευόταν κρασί στο Κάντιθ, στο Πόρτο και στη Λισαβόνα. Το 1695 επέστρεψε στην Αγγλία χρησιμοποιώντας το όνομα "Νταφόε" και υπηρετώντας ως υπεύθυνος για την είσπραξη των φόρων επί των φιαλών, ενώ το 1696 λειτουργούσε ένα εργοστάσιο κεραμιδιών και τούβλων.
Το 1697 εκδόθηκε η πρώτη αξιοσημείωτη δημοσίευση του Νταφόε, το Δοκίμιο Πάνω στο Σχεδιασμό, μία σειρά προτάσεων για την κοινωνική και οικονομική βελτίωση.
Από το 1697 έως το 1698 υπερασπίστηκε το δικαίωμα του βασιλιά Γουλιέλμου Γ' της Αγγλίας να συγκροτήσει μόνιμο στρατό κατά τη διάρκεια του αφοπλισμού μετά τη Συνθήκη του Ράισβαϊκ (1697) που τερμάτισε τον Εννεαετή Πόλεμο (1688-1697).
Το πιο επιτυχημένο του ποίημα, Ο Γνήσιος Άγγλος (1901), υπερασπιζόταν το βασιλιά Γουλιέλμο απέναντι στην αντίληψη της ξενοφοβίας των εχθρών του, σατιρίζοντας την αγγλική αξίωση στη φυλετική καθαρότητα. Με το σατιρικό αυτό ποίημα αναγνωρίστηκε για πρώτη φορά η συγγραφική αξία του Ντάνιελ Νταφόε.

Ο θάνατος του Γουλιέλμου Γ' το 1702 δημιούργησε για άλλη μια φορά πολιτική αναταραχή καθώς ο βασιλιάς αντικαταστάθηκε από τη βασίλισσα Άννα, η οποία άρχισε αμέσως επίθεση ενάντια στους διαφωνούντες με την Εκκλησία της Αγγλίας.
Τα κείμενα του Νταφόε και οι πολιτικές του δραστηριότητες είχαν ως αποτέλεσμα τη σύλληψή του και την τοποθέτησή του σε κύφωνα στις 31 Μαΐου 1703, κυρίως λόγω ενός φυλλαδίου με τίτλο Ο Συντομότερος Δρόμος με τους Διαφωνούντες ή Προτάσεις για την Ίδρυση της Εκκλησίας. Σ' αυτό ο Νταφόε σατίριζε ανελέητα τόσο τους Συντηρητικούς όσο και τους διαφωνούντες που υποκριτικά άσκησαν τη λεγόμενη "περιστασιακή συμμόρφωση", όπως ο γείτονάς του από το Στόουκ Νιούινγκτον, σερ Τόμας Άμπνεϊ. Αν και δημοσιεύτηκε ανώνυμα, γρήγορα ανακαλύφθηκε η αληθινή πατρότητα του κειμένου και ο Νταφόε συνελήφθη. Σύμφωνα με το θρύλο, η δημοσίευση του ποιήματός του Ύμνος στον Κύφωνα, έκανε το κοινό κατά τη διάρκεια του κυφωνισμού να του πετάει λουλούδια, αντί για τα συνήθη επιβλαβή αντικείμενα, και να πίνει στην υγειά του. Η ιστορικότητα του γεγονότος είναι υπό αμφισβήτηση από τους περισσότερους μελετητές, αν και ο Τζον Ρόμπερτ Μουρ αργότερα είπε ότι "Δεν υπήρξε κανένας άνθρωπος στην Αγγλία, εκτός από τον Νταφόε, που να μπήκε σε κύφωνα και αργότερα να ξεχώρισε μεταξύ των συνανθρώπων του". Εντούτοις, υπάρχει η περίπτωση του Τόμας Κοχρέιν, 10ου κόμη του Νταντόλαντ και φημισμένου αξιωματικού του Βασιλικού Ναυτικού, ο οποίος καταδικάστηκε στον κύφωνα αλλά του δόθηκε χάρη από φόβο μήπως η δημοτικότητά του προκαλούσε ταραχές.

"Wherever God erects a house of prayer
the Devil always builds a chapel there;
And 't will be found, upon examination,
the latter has the largest congregation."


(Όπου ο Θεός ανεγείρει οίκο προσευχής
ο Διάβολος πάντα χτίζει ένα παρεκκλήσι εκεί
Και θα βρεθεί, μετά από εξέταση,
ότι ο τελευταίος έχει τη μεγαλύτερη συγκέντρωση)
— Νταφόε, Ο Γνήσιος Άγγλος, 1701

Μετά από τρεις μέρες στον κύφωνα, ο Νταφόε μπήκε στη φυλακή Νιουγκέιτ. Ο υπουργός Ρόμπερτ Χάρλεϊ, 1ος Κόμης της Οξφόρδης και Κόμης του Μόρτιμερ, μεσολάβησε για την απελευθέρωσή του με όρο τη συνεργασία του Νταφόε ως μυστικός πράκτορας για λογαριασμό των Συντηρητικών (Tories). Σε αντάλλαγμα γι' αυτή τη συνεργασία, ο Χάρλεϊ κατέβαλε κάποια από τα ανεξόφλητα χρέη του Νταφόε, βελτιώνοντας σημαντικά την οικονομική του κατάσταση.
Μέσα σε μια εβδομάδα από την απελευθέρωσή του από τη φυλακή, ο Νταφόε έγινε μάρτυρας της Μεγάλης Καταιγίδας του 1703 που προκάλεσε μεγάλες ζημιές στο Λονδίνο και το Μπρίστολ, ξεριζώνοντας εκατομμύρια δέντρα και σκοτώνοντας πάνω από 8.000 ανθρώπους, ως επί το πλείστον στη θάλασσα. Το γεγονός αυτό αποτέλεσε το θέμα της Καταιγίδας (Storm, 1704), μιας συλλογής από αφηγήσεις αυτοπτών μαρτύρων. Πολλοί θεωρούν αυτό το έργο του Νταφόε ως ένα από τα πρώτα παραδείγματα σύγχρονης δημοσιογραφίας.
Την ίδια χρονιά δημιούργησε την περιοδική του Επιθεώρηση των Υποθέσεων της Γαλλίας, με την υποστήριξη του υπουργού Ρόμπερτ Χάρλεϊ, καταγράφοντας τα γεγονότα του Πολέμου της Ισπανικής Διαδοχής (1701-1714).
Η Επιθεώρηση κυκλοφορούσε τρεις φορές την εβδομάδα, χωρίς διακοπή μέχρι το 1713. Ο Νταφόε εντυπωσιάστηκε από το γεγονός ότι ένας άνθρωπος τόσο χαρισματικός, όσο ο Ρόμπερτ Χάρλεϊ, άφηνε ανοιχτά ζωτικής σημασίας έγγραφα και τον προειδοποίησε ότι σχεδόν προκαλούσε έναν ασυνείδητο υπάλληλο να διαπράξει προδοσία, κάτι που τελικά συνέβη με την υπόθεση του Γουίλιαμ Γκρεγκ. Όταν με το θάνατο της βασίλισσας Άννας έπεσαν οι Συντηρητικοί από την εξουσία, ο Νταφόε συνέχισε να προσφέρει μυστικές υπηρεσίες στην κυβέρνηση και να εκδίδει φυλλάδια.

Δεν ήταν όλα τα φυλλάδια του Νταφόε πολιτικού περιεχομένου. Ένα φυλλάδιο (που στην πραγματικότητα δημοσιεύθηκε ανώνυμα), με τίτλο Μία Πραγματική Σχέση της Εμφάνισης της κας Βιλ την Επόμενη Μέρα του Θανάτου της μ' αυτή της κας Μπαργκρέιβ στο Καντέρμπερι στις 8 Σεπτεμβρίου 1705, έχει ως θέμα την αλληλεπίδραση μεταξύ του πνευματικού και του φυσικού κόσμου. Πιθανότατα γράφτηκε για να υποστηρίξει το έργο του Σαρλ Ντρελενκούρ Η Παρηγοριά της Πιστής Ψυχής Ενάντια στους Φόβους του Θανάτου (Consolations de l'âme fidèle contre les frayeurs de la mort, 1651). Περιγράφει μία συνάντηση της κας Μπαργκρέιβ με την παλιά της φίλη, κα Βιλ, μετά το θάνατό της. Είναι σαφές απ' αυτό το κείμενο και από πολλά άλλα, ότι ενώ η πολιτική πτυχή της ζωής του Νταφόε ήταν κυρίαρχη, δεν ήταν με κανένα τρόπο η μοναδική. Η έκταση και τα στοιχεία της γραφής του Νταφόε την περίοδο μετά την πτώση των Συντηρητικών το 1714 μέχρι την έκδοση του Ροβινσώνα Κρούσου το 1719 αμφισβητούνται ευρέως.
Ο Νταφόε σχολιάζει την τάση να αποδίδουν σ' αυτόν φυλλάδια άγνωστης πατρότητας, στο απολογητικό του έργο Έκκληση στην Τιμή και τη Δικαιοσύνη (Appeal to Honour and Justice, 1715) όπου υπερασπίζεται τη στάση του κατά την περίοδο που ήταν υπουργός ο Χάρλεϊ. Άλλα έργα που θεωρούνται ως προάγγελοι της μυθιστορηματικής του καριέρας είναι: Ο Οικογενειακός Εκπαιδευτής (The Family Instructor, 1715), ένα εξαιρετικά επιτυχημένο εγχειρίδιο άσκησης του θρησκευτικού καθήκοντος, Πρακτικά των Διαπραγματεύσεων του μονσιέ Μεναζέ (Minutes of the Negotiations of Monsr. Mesnager, 1717), στο οποίο υποδύεται τον Νικολά Μεναζέ, τον Γάλλο πληρεξούσιο που διαπραγματεύτηκε τη Συνθήκη της Ουτρέχτης (1713) και η Συνέχεια των Επιστολών που Γράφτηκαν από έναν Τούρκο Κατάσκοπο (A Continuation of the Letters Writ by a Turkish Spy, 1718), μία σάτιρα για την ευρωπαϊκή πολιτική και τη θρησκεία, την οποία υποτίθεται ότι έγραψε ένας Μουσουλμάνος στο Παρίσι.

Από το 1719 έως το 1724, ο Νταφόε έγραψε τα μυθιστορήματα από τα οποία έγινε διάσημος . Κατά την τελευταία δεκαετία της ζωής του, έγραψε επίσης εγχειρίδια συμπεριφοράς, μεταξύ των οποίων τη Θρησκευτική Ερωτοτροπία (Religious Courtship, 1722), τον Πλήρη Άγγλο Έμπορο (The Complete English Tradesman, 1726) και το Νέο Οικογενειακό Εκπαιδευτή (The New Family Instructor, 1727). Κυκλοφόρησε επιπλέον μία σειρά βιβλίων με θέμα την κατάρρευση της κοινωνικής τάξης, όπως Μελετώντας το Μεγάλο Νόμο της Υποταγής (The Great Law of Subordination Considered, 1724) και Η Δουλειά του Καθενός δεν είναι Δουλειά Κανενός (Everybody's Business is Nobody's Business, 1725) και έργα με υπερφυσική θεματολογία, όπως Η Πολιτική Ιστορία του Διαβόλου (The Political History of the Devil, 1726), Σύστημα Μαγείας (A System of Magick, 1726) και Ένα Δοκίμιο για την Ιστορία και την Πραγματικότητα των Φαντασμάτων (An Essay on the History and Reality of Apparitions, 1727). Τα έργα του με θέμα τα ταξίδια στο εξωτερικό και το εμπόριο περιλαμβάνουν τη Γενική Ιστορία των Ανακαλύψεων και των Βελτιώσεων (A General History of Discoveries and Improvements, 1727) και το Ναυτικό και Εμπορικό Άτλαντα (Atlas Maritimus and Commercialis, 1728). Ένα από τα σημαντικότερα έργα του είναι η Περιήγηση σε όλο το νησί της Μεγάλης Βρετανίας (A tour thro' the whole island of Great Britain, 1724–1727), η οποία παρείχε μία πανοραμική έρευνα του βρετανικού εμπορίου στις παραμονές της Βιομηχανικής Επανάστασης.