Η ομάδα συνεχίζει την αναζήτησή των Γκιμπς και ΜακΓκι, δύο μήνες μετά την εξαφάνισή τους ενώ πολεμούσαν αντάρτες στην Παραγουάη. Ο Βανς και o Τόρες καλούνται σε μια ακρόαση στο Κογκρέσο, σχετικά με τις επιπτώσεις από την αποτυχία της αποστολής στην Παραγουάη.
Η ομάδα NCIS ερευνά το πτώμα ενός δολοφονημένου υπολοχαγού του Ναυτικού, ο οποίος είχε εξαφανιστεί πριν από ένα χρόνο. Ο Γκιμπς και ο ΜακΓκι πρέπει να περάσουν από ψυχολογική αξιολόγηση για να μπορέσουν να επιστρέψουν επίσημα στα καθήκοντά τους.
Όταν ένας μυστικός αστυνομικός, οποίος θεωρούνταν νεκρός για 10 χρόνια, επανεμφανίζεται ξαφνικά, ακολουθεί το χάος. Ο Ντάκι δέχεται μια ενδιαφέρουσα επαγγελματική πρόταση.
Η ομάδα NCIS, και η Ειδική Πράκτορας Τζακλίν 'Τζακ' Σλόουν που μόλις έχει μετατεθεί στην υπηρεσία, ερευνά την απαγωγή ενός ναύτη κατά τη διάρκεια μιας καταιγίδας που έχει βυθίσει την Ουάσινγκτον στο σκοτάδι.
Ο Ριβς βλέπει έναν φίλο του από τους Ανώνυμους Αλκοολικούς να πέφτει θύμα απαγωγής. Η ομάδα NCIS ανακαλύπτει τον κύριο ύποπτο της απαγωγής, ο οποίος είχε εξαφανιστεί δύο ημέρες πριν από το γεγονός, έχοντας στην κατοχή του εμπιστευτικές στρατιωτικές πληροφορίες.
Όταν ένας αξιωματικός βρίσκεται δολοφονημένος σε ένα γήπεδο γκολφ, ο ΜακΓκι ξοδεύει ατέλειωτες ώρες ερευνώντας την ερασιτεχνική ραδιοφωνική του συχνότητα, στην προσπάθειά του να εντοπίσει κάποιον βασικό μάρτυρα.
Μετά τη δολοφονία ενός υπαξιωματικού, ο ΜακΓκι προσπαθεί να εντοπίσει έναν μάρτυρα μέσω του ερασιτεχνικού ραδιοφωνικού σταθμού του θύματος. Επίσης, ο Πάλμερ ζητά από τους συναδέλφους του να δωρίσουν χρήματα σε μια φιλανθρωπία.
Ο κακοποιός Γκάμπριελ Χικς, ορκίζεται ότι το NCIS του έστησε παγίδα και καταδικάστηκε άδικα για μια δολοφονία πριν από μια δεκαετία. Ο Γκιμπς ξεκινά τη δική του έρευνα με μια νέα αυτοψία από τον Ντάκι.
Μια γυναίκα ισχυρίζεται πως παράξενες φωνές στο μυαλό της, την οδήγησαν στην ανακάλυψη του πτώματος ενός εργολάβου, ύποπτου για διαφθορά και δωροδοκία. Η ομάδα καλείται να χρησιμοποιήσει τη γυναίκα, στην προσπάθεια της να μάθει τι συνέβη.
Τα σχέδια για τον εορτασμό της Μέρας των Ευχαριστιών αλλάζουν καθώς η ομάδα NCIS εντοπίζει έναν καταζητούμενο έμπορο όπλων, τον Αντρέ Γιόκα, ο οποίος πρόσφατα είχε δολοφονήσει έναν πράκτορα της ΜΙ5, στενό φίλο της Σλόαν.
Ο Τόρες και η Σλόαν βρίσκονται στο Αφγανιστάν σε μια αποστολή προστασίας του γερουσιαστή Τζον Φίλιπς αλλά αναγκάζονται να επιστρέψουν νωρίτερα όταν μαθαίνουν ότι ο γιος του γερουσιαστή βρίσκεται στην εντατική.
Ο Τόρες και η Μπίσοπ παριστάνουν ένα ζευγάρι εγκληματιών, κατά τη διάρκεια μιας μυστικής αποστολής που σκοπό έχει να διερευνήσει τη διακίνηση ναρκωτικών που διενεργείται στη ναυτική βάση του Νόρφολκ.
Ο Γκιμπς και η ομάδα NCIS διεξάγουν μια εξονυχιστική έρευνα μετά την αυτοκτονία μίας φαινομενικά ευτυχισμένης και επιτυχημένης υποπλοιάρχου. Οι πράκτορες ανακρίνουν τα μέλη της οικογένειάς της αλλά και φίλους από το παρόν και το παρελθόν της άτυχης γυναίκας.
Ο ΜακΓκι και ο Τόρες επισκέπτονται το σπίτι μιας οικογένειας, της οποίας η έφηβη κόρη υπήρξε μάρτυρας σε ένα δυστύχημα με εγκατάλειψη θύματος. Αμέσως μετά όμως, η κοπέλα το σκάει μαζί με τους γονείς της και η ομάδα NCIS βρίσκεται σε εξαιρετικά δύσκολη θέση.
Το πτώμα ενός αξιωματικού, που ήταν αγνοούμενος, ανακαλύπτεται και ο Βανς δίνει εντολή στον Γκιμπς και στην ομάδα NCIS να συνεργαστούν με τον πρώην πράκτορα του FBI και νυν ιδιωτικό ντετέκτιβ Τομπάιας Φορνέλ, ο οποίος είχε αναλάβει την υπόθεση.
Ο Γκιμπς και η ομάδα NCIS ξεκινούν μια μεγάλη έρευνα με στόχο να αποκαταστήσουν το όνομα του συνταξιοδοτημένου αξιωματικού Τζον Ρος, όταν ανακαλύπτεται υδροκυάνιο μέσα σε ένα από τα εκατοντάδες πακέτα φροντίδας, που στέλνει σε εν ενεργεία πεζοναύτες.
Ο Γκιμπς και ο Ντάκι βλέπουν τυχαία σε ένα τηλεοπτικό πρόγραμμα ένα όπλο - αντίκα, το οποίο θα μπορούσε να είναι το όπλο εγκλήματος, που δε βρέθηκε ποτέ, σε μια ανεξιχνίαστη δολοφονία, που συνέβη 16 χρόνια πριν.
Το αρχηγείο του NCIS εκκενώνεται όταν η ομάδα ανακαλύπτει στη στέγη του κτιρίου ένα άγνωστο πτώμα αλλά και υλικά για κατασκευή βόμβας. Ο Ντάκι δίνει στα μέλη της ομάδας να διαβάσουν το προσχέδιο του του βιβλίου του.
Ο Γκιμπς αναλαμβάνει προσωρινά την επιμέλεια μιας 10χρονης ορφανής πρόσφυγα, της Ελένα, όταν η έρευνα της ομάδας NCIS αποκαλύπτει ότι η μικρή αποτελεί στόχο μιας βίαιης συμμορίας.
Η ομάδα NCIS αναζητά έναν υπαξιωματικό που είναι ύποπτος για επίθεση, ο οποίος δραπέτευσε όταν το αυτοκίνητο που τον μετέφερε έπεσε σε μια λίμνη. Ο Τόρες συνεργάζεται με μία τυφλή μάρτυρα που έχει σημαντικές πληροφορίες για την υπόθεση.
Μία γυναίκα παρακαλάει τον Γκιμπς να ερευνήσει τη δολοφονία της μητέρας της καθώς πιστεύει ότι οι Αρχές καταδίκασαν τον λάθος άνθρωπο. Επίσης, η Αμπι καλείται να αποφασίσει ποιος συνάδελφος θα τη συνοδεύσει σε ένα νέο εστιατόριο.
Η αποκάλυψη ότι ένα μέλος της ομάδας NCIS αποτελεί στόχο ενός εκτελεστή, θέτει όλους τους πράκτορες σε συναγερμό. Η ομάδα NCIS αναζητά τον ύποπτο σε παλιές υποθέσεις που είχε αναλάβει.
Ενώ βρίσκεται στην επιμνημόσυνη τελετή ενός φίλου του, που χάθηκε στη θάλασσα, ο Γκιμπς ανακαλύπτει ότι ο μέχρι τότε αγνοούμενος, κολύμπησε στην ακτή και κρύβεται σε ένα καταφύγιο, ύστερα από επίθεση που δέχτηκε το πλοίο του.
Ενώ βρίσκεται σε ένα ραντεβού στα τυφλά, που της κανόνισαν ο Μακ Γκι και η Ντιλάιλα, η Σλόαν συναντά τυχαία έναν άντρα, τον οποίο αναγνωρίζει ως τον άνθρωπο που την κράτησε όμηρο και τη βασάνισε στο Αφγανιστάν.
