Στην Τάιμς Σκουέρ της Νέας Υόρκης, εντοπίζεται μία κοπέλα χωρίς μνήμη και με το σώμα της καλυμμένο με αινιγματικά τατουάζ. Τώρα, το FBI ερευνά ένα μυστήριο που θα μπορούσε να αλλάξει τον κόσμο... (Τζέιμι Αλεξάντερ, Σάλιβαν Στέιπλετον)
Οταν ένας βετεράνος του πολέμου του Ιράκ παρεκτρέπεται σε μια στρατιωτική βάση, η ομάδα αποκαλύπτει ένα επικίνδυνο σχέδιο. Η Τζέιν κι ο Γουέλερ προσπαθούν να σταματήσουν έναν επιστήμονα ενώ η Τζέιν θυμάται το στρατιωτικό της παρελθόν.
Η ομάδα πρέπει να εντοπίσει τον κατάσκοπο στα γραφεία του FBI στη Νέα Υόρκη ενώ την ίδια στιγμή βρίσκεται υπό εξονυχιστικό έλεγχο. Τα μυστικά τους κινδυνεύουν να αποκαλυφθούν κι όλοι θα μπορούσαν να είναι ύποπτοι, ειδικά η Τζέιν.
Επειτα από μια ανώνυμη πληροφορία, η ομάδα ερευνά μια υπόθεση θανατικής ποινής και στέλνει τη Ζαπάτα σε μυστική αποστολή. Αφού κινδύνευσε να αποκαλυφθεί κατά την αναζήτηση του πληροφοριοδότη, η Τζέιν σκέφεται να αφήσει το FBI.
Μετά την κλοπή ενός πίνακα που απεικονίζει ένα από τα τατουάζ της Τζέιν, η ομάδα αντιλαμβάνεται ότι τελικά εκείνη είναι ο πραγματικός στόχος. Για να προστατεύσει την ομάδα, η Τζέιν εξαφανίζεται.
Η ομάδα δίνει αγώνα για να αποτρέψει μια τρομοκρατική επίθεση μετά τη ληστεία χημικών όπλων από ένα θωρακισμένο φορτηγό. Η Τζέιν έχει μια ανάμνηση που τη μπερδεύει σχετικά με τον Γουέλερ ενώ έρχεται ακόμα πιο κοντά με τον Οσκαρ.
Οταν ανακαλύπτει ένα κρυμμένο μήνυμα σε ένα σταυρόλεξο, η Πάτερσον ξεκινά μια αναζήτηση που τη θέτει σε κίνδυνο. Ο Οσκαρ δίνει τελικά στην Τζέιν περισσότερες πληροφορίες για την ταυτότητά της κι ο Γουέλερ ζητά τη γνώμη του πατέρα του.
Η Τζέιν κι ο Γουέλερ συνεργάζονται μ'έναν απροσδόκητο σύμμαχο για να συλλάβουν έναν επικίνδυνο εγκληματία με διεθνή δράση. Στο μεταξύ, η Τζέιν πρέπει να αποφασίσει εάν θα εκτελέσει μια εντολή του Οσκαρ ρισκάροντας να πληγώσει τον Γουέλερ.
Κατά τη διάρκειας της έρευνας ενός τατουάζ, πυροβολισμοί αρχίζουν να πέφτουν σε ένα σχολείο και η ομάδα επιχειρεί να σταματήσει το δράστη. Στο μεταξύ, η Μέιφερ έρχεται αντιμέτωπη με θέματα από το παρελθόν της.
Ο Μπόρντεν φέρνει στην ομάδα την υπόθεση ενός κοριτσιού που συνδέεται με ένα τατουάζ. Οι σχέσεις της, όμως, με μια τρομοκρατική οργάνωση αποτελούν απειλή για όλους. Την ίδια στιγμή, η Τζέιν έρχεται και πάλι πιο κοντά με τον Γουέλερ.
Το FBI διακόπτει τη λειτουργία του όταν μια ομάδα χάκερ εισχωρεί στο κτίριο, παγιδεύοντας την ομάδα. Ενώ όμως προσπαθούν να δραπετεύσουν, η Μέιφερ, η Ζαπάτα, ο Ριντ και η Σάρα Γουέλερ έρχονται σε αντιπαράθεση για προσωπικά ζητήματα.
Οταν ανακαλύπτει ότι ένα εγκαταλειμμένο μωρό έχει ένα τατουάζ ίδιο με ένα από αυτά της Τζέιν, η ομάδα κάνει αγώνα για να σώσει πολλά ακόμα βρέφη. Εξαλλη, η Τζέιν αντιμετωπίζει τον Οσκαρ σχετικά με τα αποτελέσματα των αποστολών του.
Στο συγκλονιστικό φινάλε του 1ου κύκλου, ο Γουέλερ αναζητά την αλήθεια μέσα από μια θλιβερή και περίπλοκη επιβεβαίωση. Κι ενώ η Τζέιν στρέφεται σε μια πρώην ύποπτη για βοήθεια με τον Οσκαρ, η ομάδα αγωνίζεται να βοηθήσει έναν φίλο.
